مشخصات پژوهش

صفحه نخست /مطالعه ی پویش کل ژنوم برپایه ...
عنوان مطالعه ی پویش کل ژنوم برپایه ی تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ی ژنی مرتبط با صفات رشد در لاین اینترکراس پیشرفته مرغ
نوع پژوهش مقاله چاپ‌شده
کلیدواژه‌ها آنالیز غنی سازی، پویش ژنوم، ژن کاندیدا، مرغ، وزن بدن
چکیده زمینه مطالعاتی: درک نحوه کنترل ژنتیکی صفات رشد برای اصلاح نژاد موثر طیور ضروری است. هدف: پژوهش حاضر، به منظور مطالعه ی پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ی ژنی جهت شناسایی جایگاه های ژنی مؤثر بر برخی صفات مرتبط با وزن بدن و طول و قطر شانک در یک لاین اینترکراس پیشرفته (AIL) با استفاده از روش ارزیابی ژنوتیپی با توالی یابی اجرا گردید. روش کار: به منظور مطالعه ی پویش کل ژنوم از 599 قطعه مرغ و رکورد فنوتیپی مرتبط با صفات رشد شامل وزن بدن از هچ تا 14 هفتگی و طول و قطر شانگ از 4 تا 12 هفتگی استفاده شد. آنالیز پویش کل ژنوم در برنامه ی GCTA نسخه 92/1 انجام شد. در مرحله ی بعد، آنالیز غنی سازی ژنی با استفاده از بسته ی نرم افزاری goseq برنامه R و هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا از طریق پایگاه های برخط GO، Metacyc، KEGG، Reactome و Panther انجام گردید. نتایج: تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی نشان داد که مناطق ژنومی شناسایی شده به طور مستقیم و غیر مستقیم با ژن های مؤثر بر رشد عضلات اسکلتی، وزن بدن، متابولیسم انرژی و رشد و توسعه ی استخوان همپوشانی دارند. در این پژوهش نشانگر تک نوکلئوتیدی معنی داری واقع روی کروموزوم های 1، 2، 4، 5، 7، 8، 10 ، 11 و 27 شناسایی شدند که با ژن های MSTN، CAPN3، PNPLA3، ANXA2، IGF1، LDB2، LEPR، FN1، TMEM135 ،MC4R ، EDN1 و ADAMTS18 مرتبط بودند. در آنالیز غنی سازی مجموعه ی ژنی تعداد 19 مسیر هستی شناسی ژنی و مسیر KEGG با صفات وزن بدن و طول و قطر شانک مرتبط بودند (P˂0.05). از این بین، مسیرهای Regulation of muscle organ development، Regulation of cell growth وAnatomical structure homeostasis نقش مهمی در رشد و توسعه ی عضلات اسکلتی داشتند. همچنین در ارتباط با طول و قطر شانک مسیرهای Positive regulation of ossification، Positive regulation of cytosolic calcium ion وCalcium signaling pathway ارتباط معنی داری داشتند. نتیجه گیری نهایی: با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی صفات وزن بدن و طول و قطر شانک، همچنین شناسایی مناطق ژنومی جدید، آنالیز غنی سازی مجموعه ی ژنی درک بهتری از کنترل ژنتیکی صفات رشد را نشان می دهد. استفاده از نتایج این تحقیق می تواند سبب تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامه های اصلاح نژادی مرغ شود.
پژوهشگران ایمان حاج خدادادی (نفر چهارم)، محمد حسین مرادی (نفر سوم)، امیر حسین خلت آبادی فراهانی (نفر دوم)، حسین محمدی (نفر اول)