هدف از این تحقیق، شناسایی تعداد نشانگر SNP دارای حداکثر اطلاعات در سطح ژنوم نژادهای گوسفند ایرانی است که به منظور توسعه تراشه های تشخیص نژادی جهت ردیابی نژاد نمونه های گوسفند با هویت ناشناخته استفاده می شود. نمونه های نژاد زل (47 نمونه)، لری بختیاری (47 نمونه)، افشاری (41 نمونه)، مغانی (35 نمونه)، قزل (35 نمونه) و یک نژاد گوسفند وحشی ایرانی (12 نمونه) با استفاده از تراشه های Illumina OvineSNP50K BeadChip تعیین ژنوتیپ شدند. در این تحقیق، آنالیز تفکیکی گام به گام (SDA) و آنالیز تمایز خطی (LDA) برای کاهش تعداد نشانگر SNP موردنیاز برای تمایز و تفکیک شش نژاد مختلف گوسفند ایرانی مورد استفاده قرار گرفت. دستورالعمل انتخابی باعث کاهش تعداد نشانگرهای موردنیاز به 201 نشانگر SNP شد که قادر بودند به طور کامل شش نژاد مختلف مورد مطالعه را از همدیگر تفکیک کنند. این مجموعه نشانگری SNP قادر به گروه بندی حیوانات به گروه های نژادی خود با صحت 100% بود. نتایج حاصل از این تحقیق می تواند نقش مهمی در پایه ریزی اولیه توسعه تراشه های تشخیص نژادی با هزینه پایین و همچنین ردیابی منشأ محصولات دامی حاصل از نژادهای گوسفند ایرانی فراهم آورد.