مشخصات پژوهش

عنوان	تخمین عدم تعادل پیوستگی و پویش کل ژنومی جهت شناسایی جایگاه های ژنی تحت انتخاب مرتبط با وزن بدن در گوسفندان نژاد زندی
نوع پژوهش	مقاله چاپ‌شده
کلیدواژه‌ها	عدم تعادل پیوستگی، نشانه های انتخاب، آزمون XP-EHH ، گوسفند زندی، وزن بدن
چکیده	وزن بدن از مهمترین معیارهای تعیین کننده سود اقتصادی در صنعت پرورش گوسفند است. در مطالعات پیوستگی و انتخاب ژنومی تعیین میزان و گستره عدم تعادل پیوستگی (LD) در تشخیص تعداد نشانگر مورد نیاز و اندازه نمونه، اهمیت بسزایی دارد. علاوه براین، انتخاب برای افزایش فراوانی موتاسیون­های جدیدی که فقط در برخی از زیرجمعیت­ها سودمند هستند باعث باقی گذاشتن نشانه­هایی در سطح ژنوم می­شود. اغلب این مناطق با ژن­ها و QTLهای مرتبط با صفات مهم اقتصادی در ارتباط هستند. بنابراین، هدف این تحقیق مطالعه گستره LD و شناسایی مناطقی از ژنوم گوسفندان نژاد زندی با وزن بدن متفاوت بود که در طی سال­های مختلف به صورت مصنوعی یا طبیعی انتخاب شده­اند. بدین منظور، از 73 رأس گوسفند زندی نمونه خون تهیه شد و با استفاده از آرایه­های SNPChip 50­K شرکت ایلومینا ژنوتیپ 54241 نشانگر بر مبنای آخرین نسخه Oar_4.0 ژنوم گوسفند تعیین شد. پس از مراحل کنترل کیفی، در نهایت 40879 نشانگر SNP مربوط به 71 حیوان آنالیز شدند. مقدار LD با محاسبه آماره r2 بین تمام جفت جایگاه­ها از طریق نرم افزار PLINK محاسبه شد. برای شناسایی نشانه­های انتخاب بر پایه روش­های عدم تعادل پیوستگی از آزمون هموزیگوسیتی هاپلوتایپی بسط داده شده جمعیت تلاقی (XP-EHH) استفاده شد. در این مطالعه گستره مفید عدم تعادل پیوستگی در 40K برابر با 2/0 r2= برآورد شد. نتایج این تحقیق 10 منطقه ژنومی روی کروموزوم­های 1، 2، 3، 5، 6، 9، 12، 13، 21 و 22 را شناسایی کرد. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی نشان داد که برخی از این مناطق ژنومی با ژن­های مؤثر بر صفات رشد، متابولیسم چربی، توسعه سیستم اسکلتی، متابولیسم انرژی و کیفیت گوشت مانند ژن­های FBP1، FAM184B، PKD2، FGF19، SPP1، MEPE، CAPN2 همپوشانی دارند.
پژوهشگران	محمد حسین مرادی (نفر پنجم)، جلیل شجاع (نفر چهارم)، حسین مرادی شه بابک (نفر سوم)، عباس رافت (نفر دوم)، حسین محمدی (نفر اول)