|
عنوان
|
بررسی ساختار بلوک های هاپلوتیپی و پویش ژنومی صفت افزایش وزن بدن در کروموزوم-های آتوزومال گوسفند نژاد زندی با استفاده از مدل هاپلوتایپ
|
|
نوع پژوهش
|
مقاله چاپ‌شده
|
|
کلیدواژه‌ها
|
عدم تعادل پیوستگی، بلوک هاپلوتیپی، مطالعات پویش ژنومی، ژن کاندیدا، افزایش وزن روزانه
|
|
چکیده
|
زمینه مطالعاتی: افزایش وزن روزانه از مهمترین سنجههای تعیین کننده سود اقتصادی در پرورش گوسفند است. آگاهی از ویژگیهای عدم تعادل پیوستگی (LD) و ساختار بلوکهای هاپلوتیپی در مطالعات پویش ژنوم و انتخاب ژنومی معیارهای کلیدی میباشند. هدف: این تحقیق به منظور مطالعه گستره LD، ساختار بلوک هاپلوتیپی و ارتباط ژنومی هاپلوتیپی گوسفند برای شناسایی مناطق ژنومی مؤثر بر صفات افزایش وزن روزانه قبل (AGW) و بعد از شیرگیری (PWG) در گوسفند زندی اجرا شد. روش کار: از 96 رأس گوسفند زندی نمونه خون تهیه شد و با استفاده از آرایههای SNPChip 50 K شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ شدند. پس از مراحل کنترل کیفی، در نهایت 40879 نشانگر SNP مربوط به 94 حیوان آنالیز شدند. مقدار LD با محاسبه آماره r2 بین تمام جفت جایگاهها از طریق نرم افزار PLINK و بلوکهای هاپلوتیپی بوسیله نرم افزار Haploview برای هر کروموزوم محاسبه شدند. پس از شناسایی اثرات ثابت معنیدار (سال تولد و تیپ تولد)، مطالعه پویش ژنومی در نرم افزار PLINK ارزیابی و برای کنترل نرخ اشتباه از تصحیح بنفرونی استفاده شد. نتایج: در این مطالعه گستره مفید عدم تعادل پیوستگی در 40K برابر با 2/0 r2= برآورد شد. 58/7 درصد از کل SNPها درون بلوکهای هاپلوتیپی و 45/1 درصد از ژنوم اتوزومی توسط بلوکها پوشش داده شد. با انجام آنالیزهای پویش ژنومی، در مجموع چهار جایگاه هاپلوتیپی روی کروموزومهای 3، 5، 6 و 7 شناسایی شد، به طوری که، ارتباط معنیداری بین هاپلوتیپهای کروموزوم 5، 6 و 7 با صفت AWG و توجیه 43/3 درصد از واریانس صفت و هاپلوتیپ کروموزوم 3 با PWG و توجیه 52/1 درصد از واریانس صفت به دست آمد. نتیجه گیری نهایی: ژن های کاندیدای شناسایی شده حاصل از آنالیزهای هاپلوتیپی عملکرد مولکولی مرتبط با صفات رشد داشتند که قابل استفاده بودن این یافتهها در ارزیابیها، سبب تسریع در پیشرفت ژنتیکی افزایش وزن خواهد شد.
|
|
پژوهشگران
|
محمد حسین مرادی (نفر پنجم)، جلیل شجاع (نفر چهارم)، حسین مرادی شه بابک (نفر سوم)، عباس رافت (نفر دوم)، حسین محمدی (نفر اول)
|