مشخصات پژوهش

عنوان	شناسایی ژنومی تنوع تعداد کپی ( )CNVدر گوسفند نژاد عربی افغانستان با استفاده از آرایه Ovine 50k SNPChip
نوع پژوهش	مقاله چاپ‌شده
کلیدواژه‌ها	آنالیزهای هستی شناسی، تغیرات تعداد کپی (CNV)، تنوع ژنتیکی، شناسایی ژنومی، گوسفندان افغانی
چکیده	هدف از این پژوهش شناسایی تنوع تعداد کپی ( )CNVدر سطح ژنوم یکی از نژادهای گوسفند کشور افغانستان به نام نژاد عربی و بررسی ارتباط مناطق ژنومی حامل این نوع تنوع، با مسیرهای بیولوژیکی مختلف بود. برای این منظور 51نمونه دام با سنهای مختلف از محیط پرورش این دامها در استان هرات افغانستان جمعآوری و سپس با استفاده از آرایههای Illumina Ovine 50kSNPتعیین ژنوتیپ شدند. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت دادهها، شناسایی تنوع CNVدر سطح ژنوم این حیوانات با استفاده از مدل Hidden Markovنرمافزار ( PennCNVنسخه )5/0/3انجام شد. نتایج حاصل نشان داد که تمام حیوانات موردمطالعه دارای تغییر در تعداد کپی در سطح ژنوم بودند. در مجموع، 303تنوع CNVدر تمام کروموزومهای اتوزومی شناسایی شد. کل طول توالی این مناطق ژنومی معادل 521مگاجفتباز و متوسط CNVبهازای هر گوسفند 20/4مگا جفتباز بودند. پس از ادغام مناطق همپوشان در مجموع 213ناحیه CNVR شناسایی شد. این مناطق ژنومی بهمنظور بررسی مسیرهای متابولیکی مرتبط با آنها مورد ارزیابیهای بیوانفورماتیکی قرار گرفت. نتایج مطالعه هستیشناسی، نشان داد که بسیاری از این مناطق با مسیرهای بیولوژیکی مختلفی مانند باروری و عملکرد تولیدمثلی، خصوصیات لاشه و وزن بدن، توسعه سیستم ایمنی و سیستم اسکلتی- ماهیچهای در ارتباط هستند
پژوهشگران	محمدعثمان کریمی (نفر چهارم)، امیر حسین خلت آبادی فراهانی (نفر سوم)، محمد حسین مرادی (نفر دوم)، رقیه محمودی (نفر اول)