مشخصات پژوهش

عنوان	پویش کل ژنوم بر پایه روش فراتحلیل جهت شناسایی مناطق کاندیدای مرتبط با ذخیره چربی در نژادهای گوسفند دنیا
نوع پژوهش	پایان نامه های تقاضا محور و غیر تقاضا محور
کلیدواژه‌ها	پویش ژنوم، نشانه های انتخاب، فراتحلیل، چربی، گوسفند
چکیده	تعیین نشانه های انتخاب می تواند فهم ما را از اساس تکامل و بیولوژی یک فنوتیپ افزایش داده و ابزارهایی برای افزایش کارایی انتخاب فراهم کند. هدف از پژوهش حاضر، پویش کل ژنوم جهت شناسایی مناطق کاندیدای مرتبط با ذخیره چربی در نژادهای گوسفند دنیا به روش فراتحلیل (متاآنالیز) بود. برای این منظور، از اطلاعات ژنوتیپی منتشر شده در پروژه HapMap و سایر مقاله های معتبر دربرگیرنده نژادهای گوسفند دنبه دار و بدون دنبه در سرتاسر دنیا استفاده شد. پس از یکسان نمودن اطلاعات ژنوتیپی در نژادهای مختلف گوسفند، ابتدا ساختار جمعیتی دام های مورد مطالعه از طریق آنالیز مؤلفه های اصلی (PCA) با استفاده از تابع prcomp در محیط نرم افزار R بررسی شد. نتایج حاصل نشان داد که تمام حیوانات در گروه نژادی خود قرار می گیرند و حیوانات دنبه دار و بدون دنبه بر روی مؤلفه اصلی اول (PC1) از همدیگر تفکیک می شوند. سپس نشانه های انتخاب بین نژادهای دنبه دار و بدون دنبه با استفاده از سه روش آماری رایج شامل FST، FLK و hapFLK مورد بررسی قرار گرفت و در نهایت مناطق ژنومی کاندیدای مرتبط با ذخیره چربی در این نژادها با استفاده از روش فراتحلیل شناسایی شد. نتایج حاصل از آنالیز فراتحلیل، 23 منطقه ژنومی کاندیدا برای صفت ذخیره چربی را روی کروموزوم های 25، 23، 21، 20، 19، 17، 16، 13، 12، 6، 5، 3، 2 آشکار کرد. پس از شناسایی این مناطق ژنومی کاندیدا، به بررسی بیوانفورماتیکی ژن های موجود در مناطق ژنومی شناسایی شده در پایگاه های بر خط همانند BioMart و DAVID پرداخته شد. نتایج حاصل از مطالعات هستی شناسی و همچنین بررسی مسیرهای بیوشیمیایی نشان داد که بیشتر ژنهای شناسایی شده در این مناطق در مسیرهایی مانند پاسخ سلولی به اینترلوکین -1 و آنتی بیوتیک ها، پاسخ به نکروز سرطانی، واکنش به گونه های فعال اکسیژن، کمپلکس اسپلایسوزومی و شبکه آندوپلاسمی و در مسیرهای بیوشیمیایی پیام رسان کیموکین و مسیرهای پیام رسان اکسی-توسین دخالت دارند که این مسیرها به صورت مستقیم یا غیر مستقیم با متابولیسم چربی، سازگاری با شرایط محیطی و سیستم ایمنی در ارتباط هستند. در مجموع، نتایج این تحقیق می تواند اطلاعات ارزشمندی در زمینه شناسایی مناطق ژنومی مؤثر بر صفت ذخیره چربی در گوسفند و آشکارسازی نحوه وراثت این صفت فراهم آورد.
پژوهشگران	حسین محمدی (استاد مشاور)، امیر حسین خلت آبادی فراهانی (استاد مشاور)، محمد حسین مرادی (استاد راهنما)، عاطفه جیریایی (دانشجو)