ویروس موزائیک خیار (CMV) Cucumber mosaic virus از ﻣﻬﻢ ترین وﯾﺮوس های آلوده کننده محصولات مختلف زراعی، باغی و سبزیجات در سراسر جهان ﻣﺤﺴﻮب ﻣﯽ ﺷﻮد. این ویروس ﻋﻀﻮ ﺗﯿﭗ ﺟﻨﺲ Cucumovirus و متعلق به ﺧﺎﻧﻮاده Bromoviridae ﻣﯽ باشد. ژنوم ویروس از سه قطعه RNA تک رشته ای مثبت شامل RNA-1، RNA-2 و RNA-3 تشکیل شده و حداقل دارای یک RNA زیر ژنومی (RNA4 ) نیز می باشد. به منظور بررسی وضعیت آلودگی ویروسی گیاه دارویی بومادران تعداد 350 نمونه دارای علائم موزائیک، زردی و بدشکلی و نمونه های بدون علائم در بهار سالهای 1395، 1396 و 1397 از شهرستان های مختلف استان مرکزی جمع آوری گردید. آلودگی به CMV با استفاده از آزمون ساندویچ دو طرفه الیزا (DAS-ELISA) مورد بررسی قرار گرفت. براساس مناطق نمونه برداری و گونه گیاه بومادران، پنج نمونه جهت مطالعات فیلوژنتیکی انتخاب شد. با استفاده از آزمون RT-PCR و آغازگر های اختصاصی CMVCPr و CMVCPf قطعه ای به اندازه 657 نوکلئوتید، مربوط به چارچوب ژنی پروتئین پوششی ویروس تکثیر، همسانه سازی و تعیین ترادف گردید. توالی به دست آمده در این پژوهش با توالی های ثبت شده در GenBank با استفاده از CLASTAL W موجود در نرم افزار MEGA7 هم ردیف سازی گردیدند. مقایسه توالی ها نشان داد که جدایه های ایرانی CMV جدا شده از بومادران در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی (100-95 درصد) با یکدیگر برابری قابل توجهی دارند و به دیگر جدایه های ایرانی CMV نزدیک هستند. درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده با روش نزدیکترین همسایه، نشان داد که کل جدایه های بررسی شده در دو زیر گروه I و II قرار می گیرند که زیر گروه I نیز به دو زیر گروه IA و IB تقسیم می گردد. پنج جدایه ایرانی از بومادران در زیر گروه IB واقع گردیدند. جدایه های ایرانی CMV نیز به دو گروه بزرگ تقسیم شدند. این دسته بندی را با تفاوت در منشاء جغرافیایی جدایه ها نمی توان تفسیر کرد. برآورد نسبت dN/dS در پروتئین پوششی CMV کمتر از یک بود (17/0) که نشانه فشار انتخاب منفی بر روی این ناحیه است. این اولین گزارش از بررسی فیلوژنتیکی چندجدایه CMV جدا شده از گیاه بومادران در ایران است.
