امیر حسین خلت آبادی فراهانی

از مزایای علم بیوانفورماتیک، شناخت ژنهایی است که در امر انتخاب برای صفات تولیدی مفید و سودآور هستند. ژنهای کاندید برای یک صفت خاص عبارتند از ژنهای توالییابی شدهای که فعالیت بیولوژیکی آنها شناخته شده و در تکامل یا فیزیولوژی آن صفت دخالت دارند. یکی از صفات فیزیولوژیکی، صفت تولید شیر میباشد. شیر علاوه بر اینکه منبع غنی پروتئین حیوانی محسوب میشوند. از نظر انرژی- زایی نیز بسیار با ارزش بوده و ارزش غذایی-زیستی بسیار بالایی برای انسان دارا میباشند. تولید شیر حیوان نتیجه فرآیندهای زیستی متعددی است و ژنوتیپ، تعیینکننده حداکثر سطحی است که این فرآیندها میتوانند رخ دهند. پروفایل بیان ژن، میزان فعالیت ژنهای متعدد را به طور همزمان برای ایجاد تصویری جامع از عملکرد سلول نشان میدهد.دادههای مربوط به بافت پستانی گاو شیری که با فرمت TXTاز پایگاه داده Arrayexpressبا شماره دسترسی E-GEOD-27840یا پایگاه داده GEOدانلود شدند. معیارهای شناسایی ژنهای با بیان افتراقی و معنیدار ( )-2> Fold Change >2و ( )Adj P-Value < 0.05میباشد. بررسی مسیرهای بیولوژیکی و ویژگیهای ساختاری و عملکردی ژنها توسط پایگاه DAVIDصورت گرفت. با استفاده از نرمافزار Cytoscapeبه بازسازی شبکه تنظیم بیان ژن و مطالعه روابط بین ژنهای دخیل در تولید شیر پرداخته شد. 7835ژن شناسایی شد که بیان متفاوت و معنیداری داشتند. ژنهای با Log fc <- 2این ژنها بیان پایینی دارند و تعداد آنها 360عدد بود و ژنها با Log fc> 2بیان بالایی دارند و تعداد آنها 470عدد است. از جمله مسیرهای سیگنالدهی مؤثر بر فرایند رشد میتوان ،MAPK ،WNT انسولین، استروژن و پرولاکتین نام برد. از مهمترین ژنهای شناسایی شده در این مطالعه شامل LEP ،TNF میباشند که بر روی صفت تولیدSOST ، وGHRH ،VIP،FGF1،RPS6KB1،WNT2B، GHRL،BMP2 شیر تأثیرات عدیدهای دارند.