در عصر حاضرگونه شناسی یا نوع شناسی یکی از لوازم پژوهش خصوصا در مطالعات مرتبط با علوم انسانی است که به عنوان چارچوب و راهنمای محقق محسوب می شود و بر اساس قواعد آن، پدیده ها جهت درک و شناخت بهتر، بر اساس الگویی منطقی تقسیم بندی می شوند. یکی از شاخه های مطالعاتی در حوزه پژوهش های قرآنی که گونه بندی در آن اهمیت دارد، شبهات و انکاریه ها پیرامون قرآن است. با وجود تلاش های موثری که در زمینه شبهه پژوهی قرآنی صورت گرفته است به علت تمرکز غالب مولفان بر پاسخگویی، ارایه یک گونه بندی جامع از شبهات در حاشیه قرار گرفته است. با توجه به این که تقسیم بندی علمی شبهات یکی از لوازم شبهه پژوهی بوده و پیش نیاز ی برای پاسخ دهی روشمند به شبهات محسوب می شود ضروری است قبل از ارایه هر گونه و دفاع و ردیه بدان پرداخته شود. این مقاله در یک بررسی توصیفی-تحلیلی با مطالعه برخی از گونه بندی های ارایه شده در آثار شبهه پژوهی قرآنی و در نظر گرفتن الگوی شبهات معارضان علیه قرآن، خصوصا مستشرقان و مسیحیان تبشیری به ارایه یک طرحواره شامل شش نوع کلی شبهات مصادر، شبهات وحیانیت، شبهات استناد به قرآن، شبهات فهم قرآن، شبهات متن و شبهات مربوط به آورندگان وحی اقدام نموده است و به تناسب زیرگونه ها و مصادیق هر یک نیز بر اساس قواعد گونه بندی، گزینش و ارایه نموده است. مبنای کلامی در این نوشتار دفاع از قرآن به عنوان کتابی وحیانی و خطا ناپذیر و مبنای علمی، عنصر شباهت در شبهات بوده و تقسیم بندی براساس الگوی هرمی صورت گرفته است. نقطه قوت این طرحواره آن است که شبهات پراکنده را با قرار دادن در دسته های همگون به صورت گونه های اصلی و فرعی جمع نموده که خود کمک شایانی به دفع توهم کثرت شبهه خواهد بود.