برآورد دقیق ضریب همخونی یکی از مهمترین عوامل در طراحی برنامههای اصلاح نژادی گلههای مختلف و مدیریت گونههای در حال انقراض میباشد. امروزه با توسعه روش- های ارزیابی ژنومی امکان برآورد همخونی با استفاده از دادههای ژنومی به همراه شجره فراهم شده است. هدف از این تحقیق مقایسه روشهای محاسبه همخونی با استفاده از روش شجره و روشهای ژنومی میباشد. به این منظور، سناریوهای مختلفی شامل برآورد ضریب همخونی به روش شجره ) PEDF (، رشتههای هموزیگوت ) ROHF (، همبستگی گامتی ) UNIF ،) هموزیگوسیتی ) HOMF( و ماتریس خویشاوندی ژنومی ) GRMF ( شبیهسازی شدند و برای هر سناریو، 20 جمعیت متفاوت تولید شد. محاسبات با استفاده از تمام سناریوهای ذکر شده انجام شد و در نهایتاً آمارههای مورد بررسی در 20 جمعیت میانگینگیری شد و از این میانگینها، جهت تجزیه و تحلیل و تفسیر نتایج استفاده شد. در این تحقیق شجره مورد استفاده شامل 31000 فرد بود که دربرگیرنده تمام افراد از ابتدای تشکیل جمعیت تا نسل 60 میباشد. در این تحقیق شبیهسازی سناریوهای مختلف در نرمافزار QMSim انجام شد و پس از تهیه فایلهای ورودی مورد نیاز با استفاده از نرمافزارهای Plink و GCTA ، محاسبهی ضرایب همخونی مختلف در پکیج Pedigree برنامه R انجام شد. نتایج این تحقیق نشان داد که برای برآورد همخونی در تراکمهای، پایین زمانیکه شجره موجود نیست بهتر است از روش ماتریس خویشاوندی ژنومی ) GRMF( استفاده کنیم. در SNP Chip ها با تراکم بالا، همبستگی بین میزان همخونی برآورد شده از طریق شجره و رشتههای هموزیگوت ) ROHF ( بالا میرود. به همین خاطر استفاده از روش ROH برای برآورد همخونی با استفاده از اطلاعات ژنومی )بدون شجره( پیشنهاد میشود. همچنین در این تحقیق بهترین تعداد نمونه برای تمام روش در تعداد 1500 حیوان تعیین ژنوتیپ شده بهدست آمد. در مجموع نتایج این تحقیق میتواند اطلاعات ارزشمندی در زمینه برآورد ضرایب همخونی با استفاده از اطلاعات شجره و ژنومی بدهد.
