مشخصات پژوهش

عنوان	برآورد میزان ضرایب همخونی ژنومی، شناسایی جزایر همخون و ژن‌های متاثر در برخی از گوسفندان نژاد مصری سازگار با شرایط محیطی متفاوت
نوع پژوهش	مقاله چاپ‌شده
کلیدواژه‌ها	ژن کاندیدا سیستم ایمنی سیگنال انتخاب جزایر ROH گوسفند
چکیده	در پژوهش حاضر، به منظور برآورد میزان ضرایب همخونی ژنومی و شناسایی جزایر ROH، مجموع 206رأس گوسفند متعلق به سه نژاد گوسفند مصری با تراشه­های K50 تعیین ژنوتیپ شدند. پس از کنترل کیفیت داده­ها، 48361 تعداد نشانگر SNP در تعداد نمونه 204 رأس گوسفند باقی ماند. تخمین ضریب همخونی، از طریق چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامت­ها (FUNI)، با استفاده از نرم­افزار GCTA (نسخه0/1) و همچنین، قطعات هموزیگوت ژنومی (FROH) با PLINK (نسخه 9/1) محاسبه شد. بعنوان پیش فرض، 1 درصد از نشانگرهای SNP با بالاترین فراوانی در قطعات هموزیگوت بعنوان، جزایر ROH در نظر گرفته شد. نتایج این بررسی نشان داد که بطور کلی، پس از تجزیه و تحلیل­های انجام شده مجموع، 62 جزیره ROH با طول 60/24 تا 13 مگاباز شناسایی شد. بطورئیکه، توزیع جزایر ROH در سرتاسر ژنوم یکنواخت نبود و بین نژادها متفاوت بود، بطوری که بیشترین و کمترین تعداد جزایر ROH به ترتیب روی کروموزوم­های شماره 1، 24 و 26 مشاهده شد، ولی، برخی مناطق مشترک شناسایی شدند. میانگین تعداد و طول ROH محاسبه شده در تمام نژادهای گوسفند مورد مطالعه به ترتیب برابر، با 11 و 78/205 مگا جفت باز بود. کمترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد گوسفند وهیتی و بیشترین مربوط به نژاد گوسفند سیدی بود. همچنین، بیشترین میزان FROH (043/0) در نژاد سیدی و کمترین مقدار آن (018/0) در نژاد بارکی برآورد شد. بررسی بیوانفورماتیکی، مناطق شناسایی شده نشان داد که برخی از این مناطق ژنومی با ژن­های مؤثر بر آداپتاسیون و سیستم ایمنی (SEMA3D، CSF2، ITPR1)، ژن­های کاندیدای دخیل صفات رشد و توسعه عضلات اسکلتی (UGGT1، ITGA2)، ژن­های کاندیدای تولید­مثل (ABHD16B) همپوشانی دارند. به عنوان جمع بندی­ نتایج پژوهش حاضر نشان داد که فرآیند انتخاب برای صفات مهم اقتصادی در طی سال­های متوالی، منجر به شکل­گیری قطعات هموزیگوت زیادی به نام جزایر ROH در ژنوم گوسفندان شده است که پویش ژنومی این جزایر در سطح ژنوم می­تواند بعنوان، راهبرد جایگزین برای شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی باشد.
پژوهشگران	محمد شمس اللهی (نفر دوم)، حسین محمدی (نفر اول)