مشخصات پژوهش

عنوان	مطالعه پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مجموعه های ژنی مرتبط با صفت تعداد سرپستانک در گوسفند
نوع پژوهش	مقاله چاپ‌شده
کلیدواژه‌ها	آنالیز مسیر، پویش ژنومی، هستی شناسی، سرپستانک اضافی
چکیده	زمینه مطالعاتی: تعداد سرپستانک‌ها، صفت مهمی در رابطه با قابلیت مادری گوسفندان چند قلوزا است، شناخت عملکرد ژنتیکی و جایگاه‌های ژنی کنترل‌کننده این صفت در ژنوم گونه‌های مختلف حائز اهمیت است. گوسفندان چند قلوزا به صورت بالقوه به ایمنوگلوبولین‌های دریافتی از آغوز به دلیل ساختار جفت در ساعات ابتدایی تولد وابسته هستند. لذا تعداد سرپستانک‌ها، زمانی که در یک زایش تعداد نتاج متولد شده بیشتری نسبت به تعداد پستانک‌ها وجود داشته باشد، نقش مهمی ایفاء می‌کند. هدف: پژوهش حاضر، با هدف مطالعه‌ی پویش ژنومی بر اساس آنالیز مجموعه‌‌های ژنی، برای شناسایی جایگاه‌‌های ژنی مؤثر بر صفت تعداد سر پستانک، با استفاده از آرایه‌‌های ژنومی با تراکم بالا است. روش‌ کار: از اطلاعات رکورد‌های فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با صفت تعداد سرپستانک 160 نمونه‌‌ از گوسفند هوی استفاده شد. آنالیز پیوستگی در نرم‌افزار GEMMA انجام شد، سپس با استفاده از بسته‌ی نرم افزاری biomaRt2 ژن‌های معنی‌داری که در داخل و یا 25 کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی‌دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت، مجموعه‌ی ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن‌‌های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن‌‌های کاندیدا، از طریق پایگاه‌‌های GO، KEGG، DAVID و PANTHER تفسیر شدند. نتایج: در این پژوهش نشانگرهای تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم‌‌‌های 3، 5، 7، 8، 12، 14 و 17 شناسایی شدند که با ژن‌‌های CDH11، NUMB، FGF2‌، ESR1‌،‌LGR5 ، INSR و PTGS2 مرتبط بودند. در تفسیر مجموعه ژنی، تعداد 11 مسیر هستی شناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفت تعداد سرپستانک شناسایی شد (P˂0.05). از این بین، مسیرهای Blastocyst development، Mesenchymal cell development، Developmental growth involved in morphogenesis، Muscle cell differentiation، AMPK signaling pathway و Regulation of lipolysis in adipocytes عملکرد‌های مهمی را در ارتباط با رشد و توسعه‌ی غدد پستانی و فعال‌سازی مسیر سیگنال‌دهی AMPK بر عهده داشتند. نتیجه ‌گیری نهایی: ژن‌های شناسایی شده در این مطالعه می‌توانند به عنوان ژن‌های کاندیدا برای مطالعات تکمیلی، درک بهتر مکانیسم ژنتیکی و نهایتاً در انتخاب ژنتیکی تعداد سرپستانک در گوسفند مورد استفاده قرار گیرد.
پژوهشگران	محمد شمس اللهی (نفر چهارم)، ابوذر نجفی (نفر سوم)، آرش جوانمرد (نفر دوم)، حسین محمدی (نفر اول)