|
عنوان
|
مطالعه پویش کل ژنوم برپایه آنالیز مسیر مرتبط با صفات رشد در گوسفند
|
|
نوع پژوهش
|
مقاله چاپ‌شده
|
|
کلیدواژه‌ها
|
پویش ژنوم، وزن بدن، ژن کاندیدا، گوسفند
|
|
چکیده
|
پژوهش حاضر با هدف مطالعه پویش کل ژنوم بر اساس آنالیز غنی‌سازی مجموعههای ژنی برای شناسایی جایگاه‌‌های ژنی مؤثر بر صفات رشد با استفاده از آرایه‌‌های ژنومی 50K انجام شد. بدین منظور از اطلاعات رکورد‌های فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با اوزان تولد (BW)، شیرگیری (WW)، شش ماهگی (6MW) و دوازده ماهگی (12MW) 240 رأس از گوسفند نژاد هوی استفاده شد. ابتدا آنالیز پویش کل ژنومی برای صفات رشد در برنامه TASSEL انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 برنامه R ژنهای معنی‌داری که در داخل و یا 15 کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی‌دار قرار داشتند، شناسایی شدند. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن-های نزدیک به مناطق انتخابی و ژنهای کاندیدا از طریق پایگاه‌‌های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. با تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مجموعههای ژنی، مسیرهای زیستی و )ژنهای کاندیدای) Regulation of skeletal muscle cell proliferation وActin filament polymerization (IGFBP4 و MYOD1) مرتبط با صفت BW، Regulation of anatomical structure morphogenesis،regulation of muscle system process و cell junction (BMP2، THBS1 و MYH10)،Regulation of skeletal muscle tissue development با صفت WW و Regulation of anatomical structure size (FGF2، ANGPTL4، TGFBR3 و ACTR3) با صفت 6MW و Anatomical structure morphogenesis، Positive regulation of ossification و Cellular response to growth factor stimulus (MMP7، ACTA2، EGR1 و MYBPC3) با صفت 12MW شناسایی شدند. مسیرهای شناسایی شده عملکرد‌های مهمی را در ارتباط با رشد و توسعه عضلات اسکلتی، متابولیسم گلوکز، فرآیند استخوان‌سازی، اندازه بدن، ترکیب عضله و تنظیم یون کلسیم بر عهده داشتند. ژن-های کاندیدای گزارش شده در این پژوهش می‌توانند درک روشنی از پایه مولکولی مربوط به صفات رشد در گوسفند را ایجاد کنند. نتایج حاصل از این پژوهش می‌تواند دیدگاه جدیدی در رابطه با معماری ژنتیکی صفات رشد در برنامه‌های اصلاح نژادی گوسفند ایجاد کند.
|
|
پژوهشگران
|
محمد شمس اللهی (نفر سوم)، ابوذر نجفی (نفر دوم)، حسین محمدی (نفر اول)
|