مشخصات پژوهش

عنوان	بررسی مجموعه های ژنی و مسیرهای زیستی مرتبط با برخی صفات بیومتری در گوسفند
نوع پژوهش	مقاله چاپ‌شده
کلیدواژه‌ها	آنالیز مسیر، پویش ژنومی، هستی شناسی، ساختار بدنی
چکیده	زمینه مطالعاتی: شناسایی ژن‌‌های بزرگ اثر مؤثر بر صفات مهم اقتصادی، یکی از مهم‌‌ترین اهداف اصلاح نژادی در پرورش گوسفند است. هدف: پژوهش حاضر، با هدف مطالعه‌ی پویش ژنومی بر اساس آنالیز مجموعه‌‌های ژنی، برای شناسایی جایگاه‌‌های ژنی مؤثر بر وزن تولد و صفات بیومتری، با استفاده از آرایه‌‌های ژنومی با تراکم بالا است. روش‌ کار: از اطلاعات رکورد‌های فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با وزن تولد (BW)، طول بدن، (BL) ارتفاع بدن از جدوگاه (WH) و دور سینه (CG) 277 نمونه‌‌ از گوسفند لوزهانگ استفاده شد. آنالیز پیوستگی برای وزن تولد و صفات بیومتری در نرم-افزار GEMMA انجام شد، سپس با استفاده از بسته‌ی نرم افزاری biomaRt2 ژن‌های معنی‌داری که در داخل و یا 25 کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی‌دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت، مجموعه‌ی ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن‌‌های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن‌‌های کاندیدا، از طریق پایگاه‌‌های GO، KEGG، DAVID و PANTHER تفسیر شدند. نتایج: در این پژوهش تعداد 14 نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم‌‌‌های 2، 3، 5، 7، 11، 13، 17، 19، 20 و 25 شناسایی شدند که با ژن‌‌های ‌MYL1، MYL3، ACACA (BW)،‌PLCB1‌، BMPR1A، LRPPRC، PTBP1، TMEM117 (BL)، ADIPOR2، SYN3، TRAK1 (WH) و PPARG، HMGA1 (CG) مرتبط بودند. در تفسیر مجموعه ژنی، تعداد 21 مسیر هستی شناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفات وزن تولد و بیومتری شناسایی شد (P˂0.05). از این بین، مسیرهایmuscle structure development ، carbohydrate derivative metabolic process، anatomical structure formation involved in morphogenesis، skeletal system development، positive regulation of ossification، muscle cell proliferationو GnRH signaling pathway عملکرد‌های مهمی را در ارتباط با رشد و توسعه‌ی عضلات اسکلتی، هموستازی گلوکز، فرآیند استخوان‌سازی، تنظیم یون کلسیم و فعال‌سازی مسیر سیگنال‌دهی MAPK بر عهده داشتند. نتیجه ‌گیری نهایی: با توجه به تأیید نتایج حاصل از مطالعه قبلی در زمینه‌ی پویش ژنومی وزن تولد و صفات بیومتری، و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافته‌های این تحقیق، می‌تواند در انتخاب ژنتیکی گوسفند مفید باشد.
پژوهشگران	مینگشینگ چو چو (نفر دوم)، حسین محمدی (نفر اول)