مشخصات پژوهش

عنوان	پویش کل ژنوم جهت شناسایی ژن ها و مسیرهای زیستی مرتبط با صفات تیپ در گاو بر پایه آنالیز مسیر
نوع پژوهش	مقاله چاپ‌شده
کلیدواژه‌ها	گاو، صفات تیپ، پویش ژنومی، آنالیز مسیر
چکیده	مقدمه و هدف: صفات تیپ توصیف کننده وضعیت اسکلتی دام بوده و دارای همبستگی ژنتیکی متوسط تا بالا با صفات مهم اقتصادی شامل باروری، طول عمر اقتصادی و خصوصیات لاشه در گاو می با شد. پژوهش حاضر با هدف مطالعه پویش کل ژنوم بر اساس آنالیز مجموعه های ژنی برای شناسایی جایگاه های ژنی مؤثر بر صفات تیپ با استفاده از آرایه های ژنومی 50K بود. مواد و روش ها: بدین منظور از اطلاعات فنوتیپی و ژنوتیپی صفات طول بدن (BL)، ارتفاع قد از جدوگاه (WH)، دور سینه (CG) و عمق سینه (CD) 286 نمونه از گاوهای آمیخته استفاده شد. ابتدا آنالیز پویش کل ژنومی برای صفات تیپ در برنامه GEMMA نسخه 98/0 انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 برنامه R ژن های معنی داری که در داخل و یا 25 کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن های کاندیدا از طریق پایگاه های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. یافته ها: در این پژوهش تعداد 12 نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم های 1، 3، 5، 7، 8، 10، 13، 16، 17، 22، 23 و 25 شناسایی شدند که با ژن های PLCB1 ، PTBP1، TMEM130، PLCB4 (BL)، TGFBR3، SYN3، TRAK1 (WH)، GLP1R، HMGA1 (CG) و CAPN3، MYOG و MYO18B (CD) مرتبط بودند. برخی از این ژن های شناسایی شده در مناطق ژنومی معنی دار با مطالعات قبلی هم خوانی داشت. در تفسیر مجموعه ژنی تعداد 17 مسیر هستی شناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفات تیپ شناسایی شد (P˂0.05). از این بین، مسیرهای توسعه ساختار بافت عضله، تشکیل ساختار آناتومیکی در برگیرنده مورفوژنز، هموستازی ساختار آناتومیکی، تمایز و تفرق استئوکلاست ها، تمایز و تفرق سلول های عضلات اسکلتی و مسیر سیگنال دهی کلسیم عملکرد های مهمی را در ارتباط با رشد و توسعه عضلات اسکلتی، هموستازی گلوکز، فرآیند استخوان سازی، تفرق سلول های عضلات اسکلتی، تنظیم یون کلسیم و فعال سازی مسیر سیگنال دهی کلسیم بر عهده داشتند. نتیجه گیری: با توجه به تأیید نتایج حاصل از مطالعه قبلی در زمینه پویش ژنومی صفات تیپ و شناسایی مناطق ژنومی جدید استفاده از یافته های این تحقیق می تواند در انتخاب ژنتیکی برنامه های اصلاح نژادی گاو مفید باشد.
پژوهشگران	ابوذر نجفی (نفر دوم)، حسین محمدی (نفر اول)