مشخصات پژوهش

عنوان	مطالعه پویش ژنومی برپایه آنالیز مسیر جهت شناسایی ژن های مرتبط با پارامترهای هماتولوژی در گوسفند
نوع پژوهش	مقاله چاپ‌شده
کلیدواژه‌ها	آنالیز مسیر، صفات اریتروسایت، پویش ژنومی، گوسفند، ژن کاندیدا
چکیده	زمینه مطالعه: گلبول های قرمز خون نقش اساسی در انتقال اکسیژن و سیستم ایمنی دارند. علاوه براین، پارامترهای هماتولوژی به عنوان یک شاخص کلینیکی مهم برای بیماری های مختلف، از جمله کم خونی و سندرم متابولیکی می باشند. هدف: پژوهش حاضر با هدف مطالعه پویش کل ژنوم بر اساس آنالیز مجموعه های ژنی برای شناسایی جایگاه های ژنی مؤثر بر صفات هماتولوژی با استفاده از آرایه های ژنومی 630K بوده است. روش کار: بدین منظور از اطلاعات رکورد های فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با شمارش گلبول های قرمز (RBC)، هموگلوبین (HGB)، هماتوکریت (HCT)، حجم متوسط گلبول قرمز (MCH)، میانگین غلظت هموگلوبین (MCHC) و توزیع دامنه حجم گلبول های قرمز (RWD_CV) 498 نمونه از گوسفندان آلپاین مرینو استفاده شد. ابتدا آنالیز پویش کل ژنومی برای صفات هماتولوژی در برنامه TASSEL انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 برنامه R ژن های معنی دار شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R از طریق پایگاه های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. نتایج: در این پژوهش تعداد 11 نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم های 1، 2، 3، 6، 8، 10، 11، 14 و 20 شناسایی شدند که با ژن های TRPC4 ، SPTA1، TMCC2 (RBC)، KRT26، GPLD1، EPAS1 (HGB)، RAC2، HSPD1 ، PDGFRA (HCT) و BBS1 ، HAG1، PIK3R3، STXBP5، FCER1G (MCH، MCHC، RWD_CV) مرتبط بودند. در تفسیر مجموعه ژنی تعداد 17 مسیر هستی شناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفات هماتولوژی شناسایی شد (05/0 ˂ P). مسیرهای شناسایی شده عملکرد های مهمی را در ارتباط با رشد و تفرق گلبول های قرمز، میزان دسترسی به اکسیژن، فرآیند آداپتاسیون، استرس محیطی، تنظیم سیستم ایمنی و فعال سازی پلاکت ها بر عهده داشتند. نتیجه گیری نهایی: با توجه به تأیید نتایج حاصل از مطالعه قبلی در زمینه پویش ژنومی صفات هماتولوژی و شناسایی مناطق ژنومی جدید استفاده از یافته های این تحقیق می تواند در انتخاب ژنتیکی برنامه های اصلاح نژادی گوسفند مفید باشد.
پژوهشگران	محمد شمس اللهی (نفر سوم)، ابوذر نجفی (نفر دوم)، حسین محمدی (نفر اول)