|
عنوان
|
مطالعه پیوستگی در سطح ژنوم جهت شناسایی مناطق کاندیدای مرتبط با برخی از صفات مهم اقتصادی و کاوش ژنومیکی نشانههای انتخاب در گوسفندان نژاد زندی
|
|
نوع پژوهش
|
پایان نامه های تقاضا محور و غیر تقاضا محور
|
|
کلیدواژه‌ها
|
پویش ژنوم، نشانه های انتخاب، مطالعات پویش کل ژنومی، وزن بدن، پشم، گوسفند
|
|
چکیده
|
انتخاب در جهت افزایش فراوانی جهشهای جدیدی که در برخی از جمعیتها مفید هستند باعث به جا گذاشتن نشانههایی در سطح ژنوم میشوند . شناسایی این مناطق ژنومی یکی از مهمترین حوزههای تحقیقاتی در ژنتیک حیوانی محسوب میشود. علاوه بر این، شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر صفات مهم اقتصادی یکی از مهمترین اهداف اصلاح نژادی در پرورش گوسفند است. انتخاب به کمک QTL ها و نواحی ژنومی مؤثر بر صفات تولیدی برای افزایش بازده انتخاب و بهبود عملکرد تولیدی مورد توجه قرار گرفته است. هدف از این پژوهش در بخش اول، شناسایی نشانههای انتخاب در سطح ژنوم و در بخش دوم، مطالعات پویش کل ژنوم ) GWAS ( جهت شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر برخی صفات تأثیرگذار مرتبط با رشد و پشم گوسفندان نژاد زندی ایرانی با استفاده از آرایههای ژنومی Illumina ovine SNP50 BeadChip که امکان بررسی همزمان حدود 50000 جایگاه نشانگری را در سطح ژنوم فراهم میکنند، بوده است. برای این منظور، از 96 رأس گوسفند زندی نمونه خون تهیه شد و با استفاده از آرایههای 50K شرکت ایلومینا ژنوتیپ 54241 نشانگر بر مبنای آخرین اسمبلی Oar_4.0 ژنوم گوسفند تعیین شد. در این تحقیق نشانههای انتخاب با استفاده از روشهای مبتنی بر عدم تعادل لینکاژی از دو آزمون مکمل نمره هاپلوتیپ تمایز یافته ) iHS ) و هموزیگوسیتی هاپلوتیپی بسط داده شده جمعیت تلاقی ) XP-EHH ( مورد بررسی قرار گرفت. در بخش دیگر مطالعه پویش ژنومی با یکسری صفات تولیدی شامل وزن تولد، شیرگیری، شش ماهگی، نه ماهگی، یکسالگی، افزایش وزن روزانه قبل از شیرگیری، افزایش وزن روزانه پس از شیرگیری، طول استاپل، میانگین قطر الیاف، ضریب تغییرات قطر الیاف، نسبت الیافی که مساوی یا بیشتر از 30 میکرومتر قطر الیاف، کمپ و نسبت مو در برنامه TASSEL ارزیابی و برای کنترل نرخ اشتباه از تصحیح بنفرونی استفاده شد. آنالیزهای بیوانفورماتیکی با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژنهای نزدیک در مناطق انتخابی کاندید از طریق پایگاههای BioMart ، BLAT ، DAVID و STRING انجام گردید. در نهایت مناطق ژنومی انتخاب شده از آنالیزهای ژنومی با هدف شناسایی QTL در مناطق ژنومی و متناظر آن روی ژنوم گاو انطباق داده شد . نتایج حاصل از آماره iHS ، 11 منطقه ژنومی روی کروموزومهای 1 ، 3 ، 6 ، 7 ، 8 ، 9 ، 10 ، 17 ، 22 و 26 را شناسایی کرد. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی نشان داد که
|
|
پژوهشگران
|
محمد حسین مرادی (استاد مشاور)، جلیل شجاع (استاد مشاور)، حسین مرادی شه بابک (استاد راهنما)، عباس رافت (استاد راهنما)، حسین محمدی (دانشجو)
|