عنوان	شناسایی نواحی ژنومی تحت انتخاب مثبت در جوجه‌های گوشتی با استفاده از روش مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی ژنی
نوع پژوهش	مقاله چاپ‌شده
کلیدواژه‌ها	چربی بطنی ژن کاندیدا عدم تعادل پیوستگی مرغ نشانه‌های انتخاب
چکیده	هدف: شناسایی نشانه­های انتخاب می­تواند دیدگاه­های ارزشمندی در مورد مناطق ژنومی که تحت انتخاب مثبت هستند فراهم کرده و درک بهتری از روابط بین فنوتیپ و ژنوتیپ ارائه کند. در طول چند دهه گذشته، برنامه انتخاب در جوجه­های گوشتی براساس رشد سریع و افزایش بازده غذایی انجام گرفته است. از طرفی این سرعت رشد بالا به علت همبستگی ژنتیکی با افزایش ذخیره چربی بدن، باعث کاهش کیفیت گوشت شده است که متخصصین اصلاح نژاد طیور را با چالش­های جدیدی مواجه کرده است. هدف پژوهش حاضر شناسایی مناطق ژنومی تحت انتخاب مثبت مرتبط با ذخیره چربی بدن در سن هفت هفتگی جوجه‌های گوشتی با استفاده از روش آماری مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی بود. روش پژوهش: بدین منظور تعداد 475 قطعه پرنده دو لاین جوجه گوشتی کشور چین در نسل یازدهم که به‌صورت واگرا هدف انتخاب بودند، با استفاده از یک تراشه 60K تعیین ژنوتیپ شده بودند، استفاده گردید. در مرحله اول شناسایی مناطق ژنومی و ژن­های کاندیدای مرتبط با ذخیره چربی توسط آزمون XP-EHH که مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی است به­وسیله نرم‌افزار Selscan (نسخه 0/2) مورد استفاده قرار گرفت. برای تعیین مناطق ژنومی کاندیدای مرتبط با صفت ذخیره چربی بدن یک درصد ارزش بالایی آماره XP-EHH به‌صورت پنجره‌های ژنومی 10 نشانگری انتخاب شدند. در نهایت جهت شناسایی ژن‌های کاندیدای مرتبط با صفت مورد پژوهش و نقش عملکردی آن‌ها به‌ترتیب از برنامه BioMart و DAVID استفاده شد. هم‌چنین برای بررسی وجود ‌QTLهای مرتبط با صفت ذخیره چربی در مناطق ژنومی شناسایی‌شده از آخرین نسخه منتشرشده پایگاه برخطAnimal genome استفاده شد. یافته‌ها: بررسی ژن­های گزارش‌شده در مناطق کاندیدا نشان داد که در داخل یا مجاورت این نواحی، ژن­های STAB2، TAPT1، JDP2، FNDC3B، PTPN11، ADIPOR1 و SLC44A3 قرار داشتند. بررسی بیوانفورماتیکی این مناطق نشان داد، ژن­های موجود در این مناطق با متابولیسم لیپید، انتقال اسیدهای چرب، گیرنده­های لیپوپروتئین، متابولیسم و هومئوستازی گلوکز مرتبط بودند. با بررسی مناطق ژنومی کاندیدا در پایگاهAnimal genome ، QTL­های مرتبط با وزن چربی محوطه بطنی و وزن چربی لاشه گزارش شده بود. نتیجه‌گیری کلی: به‌طور کلی ژن­های متعددی که در نواحی ژنومی شناسایی‌شده براساس عملکرد می­توانند به‌عنوان کاندیداهای تحت انتخاب مطرح باشند. به هر حال، بررسی بیش‌تر ژن­های مرتبط با مناطق ژنومی به‌دست‌آمده از مطالعات جستجوی پویش ژنومی ضروری است. نتایج این پژوهش می­تواند در درک ساز و کار ژنتیکی کنترل‌کننده صفت ذخیره چربی بدن با هدف افزایش وزن همراه با کاهش ذخیره چربی بدنی در طی دوره پرورش جوجه گوشتی مورداستفاده قرار گیرد.
پژوهشگران	امیر حسین خلت آبادی فراهانی (نفر دوم)، حسین محمدی (نفر اول)، مهدیه مهدی‌پور (نفر سوم)