هدف از این تحقیق تخمین اندازه مؤثر (Ne) برخی از نژادهای گوسفند ایرانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP در سطح ژنوم بود. به این منظور از اطلاعات ژنومی مجموع 217 نمونه حیوان شامل 45، 37، 34، 35، 45 و 11 نمونه به ترتیب از نژادهای زل، افشاری، مغانی، قزل، لری بختیاری و یک نژاد گوسفند وحشی ایرانی که با استفاده از آرایه های Illumina OvineSNP50K Beadchip تعیین ژنوتیپ شده اند، استفاده شد. این تحقیق با همکاری پروژه Sheep HapMap انجام شد. اندازه مؤثر با استفاده از اطلاعات عدم تعادل لینکاژی در طی 4 تا 3500 نسل قبل محاسبه شد. نتایج آنالیز مؤلفه های واریانس (PCA) نشان داد که تمام نژادها با استفاده از دو مؤلفه اول از همدیگر مجزا می شوند. میانگین هتروزیگوسیته مورد انتظار و مشاهده شده در نژادهای مختلف به ترتیب در دامنه 37/0-36/0 و 43/0-37/0 بدست آمد. نتایج حاصل از محاسبه اندازه مؤثر در نژادهای مختلف، نشان دهنده روند کاهش تدریجی Ne در طی 3500 سال گذشته تاکنون با یک شیب کاهشی زیاد در حدود 550 نسل قبل برای تمام نژادها بود. اندازه Ne در نسل های حاضر (4 نسل قبل) در نژادهای گوسفند ایرانی در دامنه 89-9 رأس بود. بیشترین Ne در نژاد زل (89 رأس) و کمترین در نژادهای افشاری (44 رأس) و نژاد وحشی گوسفند (9 رأس) مشاهده شد. در مجموع، نتایج این تحقیق نشان داد که با وجود تنوع ژنتیکی مناسب در این جمعیت ها، اندازه مؤثر آنها به خصوص در نژاد گوسفند افشاری و نژاد وحشی در طی نسل های اخیر به شدت کاهش یافته است و طراحی برنامه های مناسب برای حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژادهای بومی ضروری است.