مطالعه ی مواد در فرآیند نانومنیپولیشن در دو فاز و با هدف بررسی حرکت ذره قبل از شروع حرکت و بعد از آن، صورت می پذیرد. بررسی های صورت گرفته بر روی ذراتی همچون طلا در فاز نخست انجام شده و نیرو و زمان بحرانی برای این ذره با توجه به شرایط مختلف محیطی و هندسی محاسبه شده است. به منظور تکمیل فرآیند در این مقاله منیپولیشن ذره ی طلا در فاز دوم مورد بررسی قرار گرفته است. در این تحقیق مدل سازی حرکت به صورت سه بعدی انجام شده و حرکت ذره در سطوح زبر و صاف مورد مشاهده قرار گرفته است. در نهایت با استفاده از نتایج حاصل از مدل سازی و منیپولیشن ذره ی طلا با استفاده از میکروسکوپ نیروی اتمی و با توجه به وجود پستی و بلندی ها در ابعاد نانو، نتایج نشان دهنده ی جابه جایی بیشتر در سطوح صاف نسبت به خشن بوده و همچنین با توجه به بررسی حرکت در دو راستای x و y، جابه جایی در راستای y بیشتر بوده است. از دیگر نتایج محاسبه شده در این تحقیق، می توان به بررسی پارامترهای سطح و هندسه ی ذره ی طلا اشاره نمود.