میکروسکوپ نیروی اتمی یکی از ابزارهای جدید کاربردی در حوزه ی نانوتکنولوژی است که امروزه کاربردهای متنوعی از جمله عکس برداری از سطوح، استخراج توپولوژی و زبری سطوح، استخراج خواص میکرو/نانوذرات، منیپولیشن و جابجایی میکرو/نانوذرات یافته است. نانومنیپولیشن با استفاده از میکروسکوپ نیروی اتمی در دو فاز مورد بررسی قرار گرفته است، که فاز نخست از لحظه ی تماس نوک سوزن تیرک میکروسکوپ نیروی اتمی با میکرو/نانوذره ی هدف، تا لحظه ی شروع به حرکت ذره است و فاز دوم شامل آغاز حرکت ذره و عبور از موانع تا زمان رسیدن آن به نقطه ی هدف و مقصد نهایی ذره می باشد. هدف اصلی از این پژوهش مدل سازی مسیریابی بهینه میکرو/نانوذرات در فاز دوم منیپولیشن با استفاده از تصاویر میکروسکوپ نیروی اتمی می باشد. بدین منظور در ابتدا به انجام کار تجربی و تصویربرداری از سطوح با استفاده از میکروسکوپ نیروی اتمی پرداخته شده است. پس از آن، این تصاویر مورد بررسی و تجزیه و تحلیل قرار گرفته و سپس با استفاده از الگوریتم های مختلف مسیریابی شامل الگوریتم بهینه سازی ازدحام ذرات، الگوریتم ژنتیک و الگوریتم تبرید شبیه سازی شده، مسیر بهینه جهت انجام فاز دوم نانومنیپولیشن، استخراج شده است.