با پیشرفت علم و فنّاوری، در سال های اخیر یکی از موضوعاتی که موردتوجه بسیاری از محققان قرارگرفته است، موضوع نانوتکنولوژی می باشد. یکی از اهداف نانو تکنولوژی استخراج خواص و جابه جایی نانوذرات، به دلیل متفاوت بودن پارامترهایی نظیر تئوری های تماس و اصطکاک در محیط میکرو/نانو برای دست یافتن به مشخصات موردنیاز در کاربری های متفاوت است. تحقیقات انجام شده درزمینه ی نانومنیپولیشن بیشتر در محیط هایی مانند محیط های گازی، مایع و بیولوژیکی انجام می گیرد. در این زمینه میکروسکوپ نیروی اتمی یکی از پرکاربردترین دستگاه ها جهت منیپولیشن نانو ذرات است. در این پایان نامه به منظور نزدیک تر شدن نتایج به واقعیت به مدل سازی سه بعدی تئوری های تماس توسعه یافته پرداخته شده است و دو مدل تماسی کروی Hertz و JKR مدل سازی شده اند و شبیه سازی هر یک از این مدل ها به وسیله نرم افزار متلب انجام گرفته است. پس از استخراج اطلاعات به دست آمده از آزمایش بر روی سلول های سرطانی معده از نوع T4a و سلول های سرطانی روده از نوع HCT116 به شبیه سازی این اطلاعات در نرم افزار متلب و مقایسه بین شبیه سازی مدل های تماسی و کار تجربی انجام گرفته است. از نتایج به دست آمده از این مقایسه، مدول الاستیسیته بر حسب کیلو پاسکال در مناسب ترین عمق نفوذ سوزن میکروسکوپ نیروی اتمی برای هر یک از سلول های بیولوژیکی استخراج شده است. با مقایسه بین نتایج به دست آمده و نتایج گذشته درصد اختلاف نتایج برای سلول سرطانی معده T4a بین 5/12 تا 7/14 در صد و برای سلول سرطانی روده HCT116 بین 0 تا 7 درصد به دست آمده است. و در پایان این پژوهش صحه سنجی نتایج صورت گرفته است.