یافته های باستان شناسی نشان می دهد که گوسفند اولین حیوان نشخوارکننده ای است که در حدود 9000 سال قبل و در مناطقی در شمال عراق امروزی و مناطق مجاور آن در ایران اهلی شده است. بنابراین ایران یکی از مهدهای اصلی اهلی سازی گوسفند در جهان محسوب می شود. ژنوم میتوکندریایی به دلیل عدم نوترکیبی و درنتیجه دارا بودن توالی هایی با حفظ شده گی بالا، امروزه به عنوان یک منبع بسیار ارزشمند در مطالعات فیلوژنتیکی و تکاملی، بررسی تنوع ژنتیکی و تعیین رخدادهای اهلی شدن در گونه های مختلف مطرح می باشد.بنابراین هدف از اجرای این تحقیق استفاده از اطلاعات ژنوم میتوکندریایی در بررسی تنوع ژنتیکی و آنالیز هاپلوتیپی دو نژاد گوسفند شاخص ایرانی زل و لری بختیاری و شناسایی روند تکاملی نژادهای ایرانی بود. به این منظور 10 جایگاه نشانگری SNP میتوکندریایی در به ترتیب 150 و 107 نمونه غیرخویشاوند نژاد زل و لری بختیاری مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از آنالیزهای هاپلوتیپی مجموعاً باعث شناسایی 9 هاپلوتیپ مختلف در بین جمعیت های گوسفند ایرانی شد که 8 مورد از آنها در نژاد زل و تنها 4 هاپلوتیپ در نژاد لری بختیاری مشاهده شد. از طرفی تمام 9 هاپلوتیپ در جنس ماده وجود داشت درحالیکه در جنس نر تنها 4 هاپلوتیپ قابل مشاهده بود. تعداد کمتر هاپلوتیپ ها در نژاد لری بختیاری و جنس نر می تواند به دلیل انتخاب های بیشتر در جمعیت گوسفند لری بختیاری در طی سال های اخیر در مقایسه با نژاد زل و تمرکز عمده برنامه های اصلاح نژادی در دام از طریق خط پدری باشد. دو هاپلوتیپ H1 و H3 دارای بیشترین فراوانی در نژادهای ایرانی بودند که با فراوانی بالایی در هر دو نژاد قابل مشاهده بودند. در این تحقیق هاپلوتیپ H2 مختص جمعیت لری بختیاری و هاپلوتیپ های H5، H6، H7، H8 و H9 نیز مختص جمعیت زل شناسایی شدند، اما فراوانی آنها پایین بود. وجود دو هاپلوتیپ عمده و مشترک H3 و H1 در هر دو نژاد در دو منطقه ژئوگرافیکی کاملاً متفاوت نشان می دهد که این هاپلوتیپ ها می توانند به عنوان هاپلوتیپ های مبدأ در نژادهای ایرانی مطرح باشند و هاپلوتیپهای اختصاصی بعداً در جهت انطباق با شرایط آب و هوایی و محیطی محل پرورش این نژادها به وجود آمده اند.آزمون تاجیما در هر دو نژاد ایرانی مثبت بود که نشان می دهد که اندازه جمعیت در هر دو نژاد در طی سال های اخیر کاهش یافته است ولی انتخاب ها