1403/09/03
امیر حسین خلت آبادی فراهانی

امیر حسین خلت آبادی فراهانی

مرتبه علمی: دانشیار
ارکید: https://orcid.org/0000-0001-5805-590X
تحصیلات: دکترای تخصصی
اسکاپوس: 44661391600
دانشکده: دانشکده کشاورزی و محیط زیست
نشانی: دانشگاه اراک، گروه علوم دامی
تلفن:

مشخصات پژوهش

عنوان
مطالعه تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی برخی از نژادهای گوسفندان ایرانی جهت شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با سازگاری محیطی
نوع پژوهش
پایان نامه های تقاضا محور و غیر تقاضا محور
کلیدواژه‌ها
پویش ژنوم، آنالیز مسیر، ژن کاندیدا، گوسفند
سال 1401
پژوهشگران محمد حسین مرادی(استاد راهنما)، حسین محمدی(استاد راهنما)، امیر حسین خلت آبادی فراهانی(استاد مشاور)، مجید بابایی آغ اسمعیلی(استاد مشاور)

چکیده

پژوهش حاضر با هدف مطالعه پویش کل ژنوم (GWAS) بر اساس تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی برای شناسایی جایگاه های ژنی مؤثر بر صفات سازگاری با شرایط محیطی با استفاده از اطلاعات آرایه های ژنومی Ovine high-density 600K انجام شد. بدین منظور از اطلاعات ژنوتیپی 130 رأس گوسفندان بومی ایرانی شامل نژادهای کرمانی، سنجابی، لری بختیاری، قزل، قره گل، سیاه کبود، افشاری، شال و بلوچی استفاده گردید. ابتدا آنالیز پویش کل ژنومی برای صفات مورد مطالعه در برنامه PLINK (نسخه 9/1) انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 برنامه R (نسخه 2/0/4) ژن های معنی داری که در داخل و یا 50 کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم-افزاری goseq برنامه R (نسخه 2/0/4) با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک به مناطق انتخابی از طریق پایگاه های بیوانفورماتیکی مختلف انجام شد. نتایج آنالیز پویش ژنومی نشان داد که به ترتیب 2431، 2244 و 2145 نشانگر SNP با صفات سازگاری با شرایط محیطی گرمسیری-سردسیری، پراکنش در مناطق با ارتفاع بالا-پایین از سطح دریا و پوشش بدنی پشمی-پوستی در گوسفندان بومی ایران در ارتباط می باشند (P-value ≤ 0.05). با تجزیه و تحلیل غنی-سازی مجموعه های ژنی، مسیرهای زیستی و )ژن های کاندیدای) مربوط به پاسخ دفاعی به عفونت-های باکتریایی (DNAJB4، HSPA4L)، تنظیم پاسخ ایمنی به واسطه ایمونوگلوبولین ها (IL27A، LY96)، تنظیم فرآیند سیستم عضلانی، ساختار آناتومی و اتصال سلولی (BMP2، THBS1 و MYH10)، تنظیم اندازه ساختار آناتومی (FGF2، ACTR3) و رشد اپیدرم پوست و پشم (KR25، KR27) شناسایی شدند. در مجموع مسیرهای شناسایی شده در تحقیق حاضر عملکرد های مهمی را در ارتباط با سیستم ایمنی، رشد و توسعه عضلات اسکلتی، فرآیند استخوان سازی، اندازه بدن و توسعه پشم بر عهده داشتند که این نتایج می تواند دیدگاه جدیدی در رابطه با معماری ژنتیکی صفات سازگاری و رشد در برنامه های اصلاح نژادی گوسفند فراهم آورند.