1403/08/13
امیر حسین خلت آبادی فراهانی

امیر حسین خلت آبادی فراهانی

مرتبه علمی: دانشیار
ارکید: https://orcid.org/0000-0001-5805-590X
تحصیلات: دکترای تخصصی
اسکاپوس: 44661391600
دانشکده: دانشکده کشاورزی و محیط زیست
نشانی: دانشگاه اراک، گروه علوم دامی
تلفن:

مشخصات پژوهش

عنوان
تجزیه و تحلیل مجموعه های ژنی جهت شناسایی ژن ها و مسیرهای زیستی مرتبط با صفات وزن تخم مرغ در کل دوره تولید
نوع پژوهش
مقاله چاپ‌شده
کلیدواژه‌ها
آنالیز مسیر پویش ژنومی هستی شناسی وزن تخم مرغ
سال 1399
مجله بيوتكنولوژي كشاورزي
شناسه DOI
پژوهشگران علیرضا جعفری منش ، امیر حسین خلت آبادی فراهانی ، محمد حسین مرادی ، حسین محمدی

چکیده

هدف: شناسایی ژن­ های بزرگ اثر مؤثر بر صفات مهم اقتصادی یکی از مهم ترین اهداف اصلاح نژادی در پرورش مرغ است. پژوهش حاضر به منظور مطالعه پویش ژنومی بر اساس آنالیز مجموعه ­های ژنی برای شناسایی جایگاه­ های ژنی مؤثر بر صفات مرتبط با وزن تخم­مرغ نژاد رُد آیلند رِد با استفاده از آرایه­ های ژنومی با تراکم بالا بوده است. مواد و روش­ها: اطلاعات رکورد های فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با وزن تخم­مرغ نمونه­ ها از پایگاه ذخیره ژنومی برخط Figshare استفاده شد. آنالیز پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر در سه مرحله تعیین مکان SNPهای معنی­ دار با ژن، ارتباط ژن ­ها به طبقات عملکردی و مسیرهای بیوشیمیایی و پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر انجام می ­شود. بر این اساس، مطالعه پویش ژنومی برای صفات وزن تخم­مرغ در اولین تخم­گذاری و 28، 36، 56، 66، 72 و 80 هفتگی در 1078 قطعه مرغ در برنامه GenABEL انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 ژن­های معنی­داری که در داخل و یا 20 کیلوباز بالادست یا پایین دست نشانگرهای SNP معنی­دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن­ های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن ­های کاندیدا از طریق پایگاه ­های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. نتایج: در این پژوهش تعداد 9 نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم­ های 3، 4، 6، 7، 8، 9، 19، 20 و 22 شناسایی شدند که با ژن ­هایMC3R ،­LEPR ، ECT2، SH3GL2، KCNMA1، SPP1، PCK1، MMP9، PPP1CB، ACOX1 و IGFBP2 مرتبط بودند. تعدادی از این نشانگرهای شناسایی شده در مناطق ژنومی معنی­ دار با مطالعه پیشین مرتبط با وزن تخم­مرغ هم­خوانی داشتند. در تفسیر مجموعه ژنی تعداد 28 مسیر هستی شناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفات وزن تخم­مرغ شناسایی شد (P˂0.01). از این بین، مسیرهایRegulation of feeding behavior،­Positive Regulation of apoptotic process،Positive regulation of protein phosphorylation osteoblast differentiation، Positive regulation of gluconeogenesis، Cell-cell junction وFocal adhesion عملکرد های مهمی را در ارتباط با وزن تخم­مرغ و فرآیند تولید تخم مرغ از طریق رشد اووسیت و تخمک­اندازی، تشکیل پروتئین آلبومین و تشکیل پوسته تخم مرغ بر عهده داشتند. نتیجه ­گیری: با توجه ب