استفاده از نشانگر های مورفولوژیک و مولکولی جهت تشخیص تنوع ژنتیکی، گامی مهم و اساسی در اکثر برنامه های اصلاحی می باشد. در این پژوهش، شش والد به همراه 24 نتاج، بر اساس 25 ویژگی مهم کمی و کیفی و 10 آغازگر ISSR مورد بررسی قرار گرفتند. آنالیزهای آماری شامل تجزیه واریانس، مقایسه میانگین، تجزیه به مؤلفه های اصلی و مختصات اصلی، تجزیه خوشه ای، میزان چندشکلی (PIC)، نسبت چندگانه مؤثر و شاخص نشانگری بودند. با استفاده از نشانگرهای ISSR در مجموع 63 باند تکثیر شد که 42 باند چند شکل بودند. کمترین مقدار PIC به میزان 147/0 مربوط به آغازگر CS17-IS و بیشترین مقدار PIC به ترتیب 375/0 و 343/0 مربوط به آغازگر 836- IS و IS-CS77 بود. در بین آغازگرها، IS-18 و IS-77 بیشترین تعداد باند چند شکل به میزان 100% و کمترین تعداد باند چند شکل مربوط به آغازگر IS-7 به میزان 40% بود. تجزیه به مختصات اصلی (PCOA) بر اساس دو مؤلفه اول توانست ژنوتیپ های شیپوری را به چهار گروه تقسیم کند که تا حدود زیادی مبین گروه بندی های انجام شده به روش تجزیه خوشه ای مولکولی بود. تجزیه خوشه ای بر اساس داده های صفات کمی، کیفی و داده های مولکولی، به ترتیب ژنوتیپ ها را در چهار، چهار و پنج گروه تقسیم بندی کرد. بر اساس نتایج تجزیه واریانس، اختلاف ژنوتیپ های مورد نظر برای کلیه صفات کمی مورد مطالعه در سطح احتمال p≤0.01 دارای تفاوت معنی داری مشاهده شد. تفاوت های معنی دار از نظر صفات ارزیابی شده، نشان دهنده تنوع ژنتیکی بین ژنوتیپ ها بود. بیشترین ارتفاع گیاه در ژنوتیپ B13-1 (Salt lake × Orania) با 00/70 سانتی متر، بیشترین ارتفاع اسپات در ژنوتیپ B13-3 (Salt lake × Orania) با 00/12 سانتی متر، عرض اسپات در ژنوتیپ B13-1 (Salt lake × Orania) به میزان 5/5 سانتی متر، طول شاخه گل دهنده در ژنوتیپ B13-4 (Salt lake × Orania) به میزان 00/47 سانتی متر و دوره گلدهی در ژنوتیپ B12-3 (Salt lake × Paco) به میزان 00/19 روز مشاهده شد؛ بنابراین، ژنوتیپ های برتر اشاره شده از نظر صفات مهم و تجاری، قابلیت معرفی به عنوان ژنوتیپ امیدبخش را دارند. همچنین تنوع قابل توجهی در رنگ گل و شکل برگ در بین ژنوتیپ ها مشاهده شد. دامنه وسیع رنگ گل (اسپات) از رنگ های زرد، صورتی، بنفش، سفید و ترکیبی جدید بودند. ژنوتیپ های برتر از لحاظ کمیت و کیفیت می توانند کاندید در جهت گام