پسته (Pistacia vera L.) تنها گونه مورد کشت و تجاری جنس Pistacia بوده و ایران یکی از دو مرکز اصلی تنوع ژنتیکی این گیاه می باشد. کشت و کار پسته در ایران قدمت زیادی دارد و این کشور بزرگترین تولیدکننده آن می باشد. بررسی تنوع ژنتیکی برای کاربرد موثر منابع ژنتیکی و حفاظت از آنها اهمیت زیادی دارد. در مطالعه حاضر، تنوع ژنتیکی 42 رقم پسته موجود در ایران با استفاده از 20 مارکر SSR هسته ای مورد مطالعه قرار گرفت. دامنه آلل ها مشاهده شده از 3 تا 7 عدد متغیر بود و تعداد کل آنها 102 عدد بود. مقدار PIC در دامنه 36/0 تا 86/0 قرار داشت و میانگین آن 64/0 بود. مقدار هتروزایگوسیتی (Ho) مشاهده شده در دامنه 21/0 تا 79/0 بود، در حالی که هتروزایگوسیتی مورد انتظار (He) از 11/0 تا 39/0 متغیر بود. مقدار تشابه ژنتیکی در دامنه 08/0 تا 93/0 بود که نشان دهنده تنوع بالا در بین ارقام مورد مطالعه می باشد. دندروگرام های به دست آمده به روش های UPGMA و Structure، ارقام را در دو گروه اصلی قرار داد، به طوری که هر کدام از گروه-ها شامل 21 رقم بودند. نتایج مطالعه حاضر وجود تنوع ژنتیکی بالا در بین ارقام مورد مطالعه را نشان داد که اطلاعات به دست آمده می تواند در مطالعات آینده در مورد حفاظت از ژرم پلاسم و برنامه های اصلاحی پسته به-کار برود.