هدف: هدف از این تحقیق شناسایی نشانگرهای مولکولی RAPD و ISSR مرتبط با صفات ریخت شناسی مهم میوه در فندق (Corylus avellana) بود. مواد و روش ها: در این مطالعه، رابطه بین نشانگرهای ISSR و RAPD با صفات مهم میوه (ابعاد و وزن نات و مغز) در 35 ژنوتیپ فندق از طریق آنالیز رگرسیونی چندمتغیره (MRA) مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: برخی از قطعات چندشکل ISSR و RAPD با صفات مورد مطالعه میوه فندق ارتباط و همبستگی نشان دادند. برخی از این نشانگرهای آگاهی بخش با بیش از یک صفت ارتباط نشان دادند که می تواند ناشی از اثرات پلیوتروپیک QTL های مرتبط با هم در صفات مختلف باشد. به عنوان مثال، برخی از نشانگرهای آگاهی بخش با دو صفت طول نات و طول مغز همبستگی معنی دار نشان دادند که بیان کننده همبستگی مثبت این دو صفت با همدیگر می باشد. همچنین برخی از این نشانگرها با طول و وزن نات و وزن مغز و برخی دیگر با هر دو صفت وزن و طول مغز رابطه نشان دادند. نتیجه گیری: نشانگرهای آگاهی بخش شناسایی شده در این مطالعه می توانند در انتخاب والدین مناسب برای تولید جمعیت جهت نقشه یابی به کار روند. همچنین برای انتخاب ژنوتیپ های برتر به خصوص وقتی که اطلاعاتی از پایه ژنتیکی آن ها مانند نقشه لینکاژی در دسترس نیست مفید باشد.