آلودگی توسط میکروارگانیسم ها، مهم ترین دلیل تلفات در طی کشت درون شیشه ای گیاهان است. این میکروارگانیسم ها شامل انواع ویروس ها، باکتری ها، مخمر ها، قارچ ها و غیره می باشد. این میکروب ها با بافت های گیاهی بر سر مواد غذایی رقابت می کنند. حضور این میکروب ها معمولاً تلفات کشت را افزایش می دهد و همچنین سبب تغییر رشد، نکروز شدن بافت ها، کاهش پرآوری شاخساره و ریشه زایی می گردد. استقرار یک کشت درون شیشه ای موفق مستلزم حذف آلودگی های درون زاد و بیرون زاد می باشد. روش مورد استفاده در آلودگی زدایی می تواند تابع عوامل مختلف گیاهی یا محیطی مانند گونه گیاهی، سن، نوع ریزنمونه، میزان سمیت عامل آلودگی زدا، نوع آلودگی، هزینه اقتصادی و شرایط محیطی حاکم بر آن باشد. در بیشتر موارد ترکیبات آلودگی زدا برای بافت های گیاهی سمی می باشد و کاربرد غلظت مناسب، مدت زمان مناسب قرارگیری ریزنمونه و ترتیب استفاده از این مواد باید جهت به حداقل رساندن آسیب به بافت و حداکثر زنده مانی ریزنمونه ها بهینه سازی شود. در مرحله آلودگی زدایی چندین ماده شیمیایی برای کنترل آلودگی های درون شیشه ای مورد استفاده قرار می گیرد. با این وجود، کارایی برخی مواد شیمیایی کمتر و برخی از آن ها بسیار سمی هستند. روش های مختلفی برای ضدعفونی ریزنمونه ها و حذف بیمارگر های بیرونی یا درونی استفاده می شود اما یکی از مشکلاتی که استفاده از این روش ها بدنبال دارد، مقاومت بیمارگر ها به این مواد و در نتیجه بازگشت مجدد علایم آلودگی پس از گذشت یک دوره زمانی است. با شناسایی انواع آلودگی های احتمالی در کشت درون شیشه ای گیاهان و آشنایی با انواع روش های علمی و کاربردی در برطرف کردن آنها می توان از صرف هزینه های زیاد در مراحل ابتدایی پروژه های کشت سلول و بافتی گیاهان جلوگیری به عمل آورد و همچنین فرآیند تولید تجاری گیاهان عاری از پاتوژن را تسریع و مقرون به صرفه نمود
