این تحقیق به منظور بررسی اثرات سیستم های مختلف کشت از قبیل کشت خاکی، کشت هیدروپونیک در شرایط گلخانه و کشت هیدروپونیک در اتاق رشد تحت نورهای قرمز، آبی، آبی/قرمز و سفید روی گیاه پونه صورت گرفت. همچنین به علت کاهش میزان جذب کلسیم به دلیل کاهش میزان تعرق در اتاقک رشد از نانو ذرات کربنات کلسیم جهت محلول پاشی تیمارها به فاصله زمانی یک ماه پس از کاشت گیاهان طی سه مرحله استفاده شد. میزان تغییر در ویژگی های رشدی از قبیل تعداد برگ، تعداد شاخه جانبی، میزان وزن تر و خشک گیاه، فاصله میانگره ها، سطح برگ و طول ریشه همچنین میزان کلروفیل، کارتنوید، فنل، فلانوئید و میزان فعالیت آنتی اکسیدانی و غلظت عناصر کلسیم و آهن در گیاه مورد ارزیابی قرار گرفت. آزمایش در قالب طرح کاملا تصادفی و با شش تکرار در دانشکده کشاورزی دانشگاه اراک اجرا شد. نتایج این پژوهش نشان داد که تفاوت سیستم های مختلف کشت بر اغلب صفات مورفولوژیک، رنگریزه گیاهی و صفات بیوشیمیایی معنی دار بوده است. نتایج تجزیه واریانس اثر نانو ذرات کلسیم بر صفات مورفولوژیک نشان داد که نانو ذره کلسیم بر صفات سطح برگ، وزن تر ساقه بخش هوایی، وزن تر ریشه و تعداد برگ معنی دار بوده است. نتایج تجزیه واریانس نشان داد که اثر نانو ذرات کلسیم بر صفات رنگریزه گیاهی تفاوت معنی دار نداشت، اما محلول پاشی کلسیم بر میزان غلظت عناصر کلسیم و آهن در شاخساره و همچنین فنول کل معنی دار بود. بیشترین میزان غلظت کلسیم، آهن و فنول کل در سیستم کشت مزرعه تحت محلول پاشی کربنات کلسیم مشاهده شد. بیشترین میزان وزن تر بخش هوایی، وزن تر ریشه و تعداد برگ در سیستم کشت گلخانه همراه با محلول پاشی کربنات کلسیم مشاهده شد. بیشترین میزان کارتنوئید، کلروفیل کل و آنتی اکسیدان در سیستم کشت گلخانه مشاهده شد.