مدل سازی و مدیریت کیفیت آب رودخانه ها به عنوان یکی از مهم ترین منابع آب های سطحی در دسترس که امروزه بسیار تحت تاثیر آلاینده های نقطه ای و پساب های شهری و کشاورزی می باشند، امری ضروری به نظر می رسد. در این مطالعه به منظور ارزیابی اثرات آلاینده های نقطه ای و غیر نقطه ای بر کیفیت آب رودخانه قره چای از مدل Qual2kw 5.1، با توجه به مرور منابع انجام شده به عنوان یکی از معتبرترین مدل های شبیه سازی رودخانه ها، استفاده شده است. به منظور انجام این پژوهش چهار دوره نمونه برداری در ماه های فروردین، شهریور، آذر و بهمن سال 1399 صورت گرفته است. پارامترهای کیفی مورد بررسی در این مطالعه شامل: دمای آب (T)، اکسیژن محلول (DO)، اکسیژن خواهی بیوشیمیایی (BOD)، نیترات (NO3)، فسفر کل (TP)، جامدات معلق غیرآلی (ISS)، هدایت الکتریکی (EC) و اسیدیته (pH) می باشد. سپس روند تغییرات پارامترها در مسیر رودخانه در طی 4 دوره نمونه-برداری در فصل های متفاوت بررسی شد. نتایج حاصل از بررسی نشان از تاثیر ات بالای آلاینده های نقطه ای و غیرنقطه ای مسیر رودخانه بر کیفیت آب این رودخانه دارد. همچنین با توجه به تغییرات دبی طی فصول متفاوت، نتایج نشان دهنده رابطه مستقیم بین میزان غلظت آلاینده ها و دبی می باشند. مراحل واسنجی (ماه های شهریور و بهمن) و صحت سنجی (فروردین و آذر) رودخانه شبیه سازی شد. نتایج حاصل از مدل سازی حاکی از توانایی بالای مدل در شبیه سازی پارامترهای کیفیت آب رودخانه قره چای می باشد. بیشترین دقت مدل با توجه به ریشه میانگین مربعات خطای نرمال شده (NRMSE) مربوط به پارامتر pH با مقدار (02/0) در دوره واسنجی برای ماه بهمن و کمترین دقت مربوط به پارامتر دمای آب با مقدار 06/4 درجه سانتی گراد می باشد. همچنین در ماه های صحت سنجی بیشترین دقت با توجه به آماره NRMSE مربوط به پارامتر pH با مقدار 01/0 مربوط به ماه آذر و کمترین میزان دقت مربوط به پارامتر اکسیژن محلول با مقدار 21/2 میلی گرم برای ماه فروردین می باشد