ورود حیوانات اصلاح شده خارجی و بعضاً استفاده گسترده از تلاقی های برنامه ریزی نشده باعث شده است تا هم اکنون فراوانی بسیاری از نژادهای بومی دنیا کاهش یابد و بیشتر این نژادها در معرض خطر انقراض و فرسایش ژنتیکی قرار گیرند. لذا در این شرایط، تخمین هم خونی و اندازه مؤثر جمعیت نژادهای بومی به یکی از موضوعات مهم در طراحی برنامه های اصلاحی تبدیل شده است. هدف از این تحقیق محاسبه نرخ هم خونی با استفاده از رشته های هموزیگوت ژنومی و بررسی روند تکاملی اندازه مؤثر جمعیت (Ne) در برخی از نژادهای اسب آسیایی بود. به این منظور از اطلاعات ژنومی مجموع 99 نمونه حیوان شامل 19، 24، 18، 19 و 19 نمونه به ترتیب از نژادهای آخال تکه، عرب، کاسپین، مغولی و تروبرد استفاده شد که با بکارگیری آرایه های Illumina SNP50K Beadchip تعیین ژنوتیپ شده اند. این تحقیق با همکاری کنسرسیوم تنوع ژنتیکی اسب (EGDC) انجام شد. ضریب همخونی با استفاده از روش FROH بر پایه رشته های هموزیگوت ژنومی (ROH) و اندازه مؤثر با به کارگیری اطلاعات عدم تعادل پیوستگی در طی 5 تا 1000 نسل قبل محاسبه شد. نتایج آنالیز مؤلفه های واریانس (PCA) نشان داد که تمام نژادها با استفاده از دو مؤلفه اول از همدیگر مجزا می شوند. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده در نژادهای مختلف به ترتیب در دامنه 294/0-278/0 و 308/0-278/0 بود. محاسبه ضریب همخونی بر پایه اطلاعات ژنومی نشان داد که مقادیر محاسبه شده بین 003/0 (نژاد مغولی) و 166/0 (نژاد تروبرد آمریکایی) در نوسان می-باشد. نتایج حاصل از محاسبه اندازه مؤثر در نژادهای مختلف، نشان دهنده روند کاهش تدریجی Ne در طی 1000 سال گذشته تاکنون با یک شیب کاهشی زیاد در حدود 100 نسل قبل برای تمام نژادها بود. بیشترین Ne در نسل های حاضر (5 نسل قبل) در نژاد عرب (53 رأس) و کمترین در نژادهای کاسپین و تروبرد (33-34 رأس) مشاهده شد. در مجموع، نتایج این تحقیق نشان داد که در بین نژادهای آسیایی، نژاد اسب کاسپین با وجود تنوع ژنتیکی مناسب و ضریب همخونی پایین، اندازه مؤثر آن نسبت به سایر نژادهای مورد مطالعه در این تحقیق کمتر می باشد که طراحی برنامه های مناسب برای حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژاد بومی کشور ضروری است.
