امیر حسین خلت آبادی فراهانی

اختصاص حیوانات به گروههای نژادی یکی از اصول مهم در اجرای برنامههای اصلاح نژادی است. نداشتن شجره مناسب و رکوردهای فنوتیپی دقیق برای صفات مختلف، از جمله مشکلاتی است که اجرای برنامههای تحقیقاتی و کاربردی در بخش گوسفندداری را محدود میکند. هدف از انجام این پژوهش شناسایی نشانگرهای 1SNP دارای بیشترین اطلاعات در آرایههای ژنومی K50 در جهت تفکیک نژادها و همچنین توسعه روش آماری برای تشخیص و اختصاص افراد به گروههای نژادی خود میباشد. در این تحقیق از دادههای اطلاعات ژنومی نژادهای آسیای غربی مانند افشاری، قزل، مغانی، کاراکاس، نردوز، سکیز، آسیای میانه مانند چنگتنگی، تیبتان، مرینوس چینی و آسیای شرقی همچون دکانی، گارول هندی، بنگلادشی شرقی، گارول بنگلادشی، سوماترا مربوط به پروژه بینالمللی Sheep HapMap استفاده شده است. این نمونهها با استفاده از آرایههای ژنومی Ovine SNP 50K SNPChip تعیین ژنوتیپ شدهاند که امکان بررسی همزمان حدود 50000 جایگاه نشانگری SNP را فراهم میکند. تمام مراحل مربوط به آنالیزهای آماری توسط نرمافزار R v 3.3.2 انجام شدهاند. نتایج حاصل از آماره- های تفکیک نژادی همچون STF و دلتا نشان داد که کمترین فاصله بین نژادهای مغانی - قزل و بیشترین فاصله مربوط به سکیز )ترکیه( و گارول )هندی( وجود دارد. نتیجه آنالیز مؤلفههای اصلی ) PCA ( با استفاده از تمام تشانگرهایی که تمام مراحل کنترل کیفیت را گذرانده بودند ) 46195 نشانگر( نیز این نتایج را تایید نمود. در این تحقیق، جهت شناسایی نشانگرهای SNP با حداکثراطلاعات تفکیک نژادی، از تکنیک آماری چند متغییره آنالیز تفکیک خطی ) LDA ( استفاده شد که نتایج حاصل منجر به شناسایی 333 نشانگر SNP شد که امکان اختصاص افراد به گروههای نژادی واقعی آنها در تمام نژادها با صحت 100 % را فراهم میکند. در مجموع نتایج این تحقیق میتواند اطلاعات ارزشمندی در جهت توسعه کیتهای تشخیص نژادی به خصوص در سطح مزارع فراهم آورد.