نیم نگاهی به تاریخ ظهور ادیان آسمانی این مسئله را ثابت می‌کند که از زمان پیدایش ادیان، چالش ها و شبهاتی در اطراف آموزه‌های دینی مطرح بوده است. طرح شبهات درباره اسلام و قرآن و نقد آن نیز به زمان نزول قرآن بر‌می‌گردد. این روند با گذر زمان نه تنها کاهش نیافت بلکه عرضه‌ی شبهات در قالب‌هایی نو و با عناوینی جدید تا عصر حاضر ادامه یافت و در آینده نیز به شکلی روزآمد تداوم خواهد یافت. ازهمین رو لازم است دانشمندان اسلامی و مفسران قرآن کریم به عنوان وظیفه در دفاع از دین و تعالیم آن بر اساس اسلوب‌های منطقی اقدام کرده شبهات ارائه شده را با روشهای مناسب پاسخ دهند. بررسی آثار دانشمندان مسلمان گویای تلاش گسترده ای است که در این زمینه مصروف داشته‌اند. یکی از تلاش های علمی در این راستا در تفاسیر نمود پیدا کرده و مفسران پاسخگویی به بخشی از شبهات را در آثارخود، عهده‌دار شده اند. علامه طباطبایی از جمله مفسرانی است که در تفسیر20 جلدی خود «المیزان فی تفسیر القران» به این مهم توجه نموده و به بسیاری از شبهات قرآنی پاسخ داده است. به همین جهت این پژوهش با هدف دستیابی به مبانی و استخراج روشهای پاسخ به شبهات در تفسیر المیزان، صورت گرفته است تا رهیافت به پاسخگویی مبناگرایانه و روشمند در نقد شبهات قرآنی تفاسیر را رقم بزند. در این زمینه تاکنون هیچ پژوهشی از مقاله، کتاب، رساله و یا پایان نامه صورت نگرفته است. حاصل این پژوهش در ابتدا ارائه پیشینه نقد شبهات قرآنی است که نشان می‌دهد طرح شبهات درباره قرآن و پاسخ به آن‌ها به زمان نزول قرآن بر می‌گردد و تاکنون نیز ادامه دارد و نیز گونه شناسی شبهات با هدف ارائه یک الگو برای مطالعات شبهه پژوهی قرآنی است که با توجه به شبهات نقد شده در تفسیر المیزان و نیز الگوی ارائه شبهات توسط مخالفان قرآن، تدوین شده است. دوم آن که مفسر المیزان، در شبهه پژوهی مبناگرا بوده و در مطالعه خود، الهی بودن محتوا و متن قرآن، عصمت پیامبر (ص) در دریافت و ابلاغ و عمل به وحی، حجیت ظواهر قرآن، حجیت عقل، عدم تحریف قرآن، جامعیت قرآن، جاودانگی و جهانی بودن قرآن را به عنوان زیرساخت در نظر گرفته است. وی که در پاسخ به شبهات روشمند است، ازطریق حلی و نقضی شبهات را نقدکرده و روشهای تبیین واژه‌ها، ارائه مثال، تبیین مراد جدی گوینده کلام، توجه به مشخصات موضوع کلام و مسائل تاریخی، سبر و تقسیم، نقد و رد لوازم شبهه، نقد و رد مبنای شبهه و نشان دادن تضاد در عقاید شبهه کننده را مبتنی بر مبانی، برای پاسخگویی اختیار کرده است. سازمان دهی مبانی و روشهای مفسر در این زمینه، کمک به شکل‌گیری قالبی از تفسیر، با عنوان «تفسیر موضوعی کاربردی» خواهد بود. این تحقیق، بر اساس روش توصیفی- تحلیلی و با استفاده از منابع کتابخانه‌ای با تأکید بر تفسیر بیست جلدی المیزان و نگاه به آثار دیگر مؤلف و سایر منابع مرتبط با موضوع پژوهش صورت گرفته است.
