در این پایان‌نامه تلاش شده است تا از روش‌های مدلسازی کامپیوتری اعم از کیوسار سه بعدی و الحاق مولکولی، جهت طراحی مولکولی آنتاگونیست‌های گیرنده نوع دوم اورکسین استفاده شود. در راستای این هدف از یک مجموعه شامل 59 ترکیب از مشتقات Proline sulfonamide که توسط US Patent به عنوان آنتاگونیست‌های بالقوه برای مهار گیرنده‌های اورکسین برای درمان بی‌خوابی گزارش شده‌اند، استفاده شده‌است. با توجه به اهمیت بالای برهم‌کنش‌ها و خصوصیات ساختاری ترکیبات دارویی کار‌های پژوهشی زیر صورت گرفته است. در مطالعه اول مدلسازی کامپیوتری از طریق روش‌های کومفا، کومفا-تمرکز میدانی و کومیسیا بر اساس بر خط نمودن بر روی بیشترین زیرمجموعه ساختاری مشترک در نرم‌افزار Sybil انجام شد. مجموعه آزمون در جهت قدرت پیشگویی مدل‌ها مورد استفاده قرار گرفت. اعتبار‌سنجی داخلی و خارجی جهت ارزیابی پایداری و قدرت پیشگویی مدل‌ها انجام شد. پارامتر‌های آماری حاصل برای بهترین مدل کیوسار ساخته شده، نشان می‌دهند که این 59 ترکیب قابلیت پیشگویی بالایی دارند. جهت طراحی ترکیباتی با بازدارندگی بالا کانتور‌های سه بعدی حاصل از کیوسار سه بعدی راهنمای مناسبی هستند. در مطالعه دوم آنالیز الحاق نمودن جهت تعیین جنبه‌های ساختاری ضروری جهت اتصال بازدارنده‌ها به گیرنده، پیشگویی صورت‌بندی فعال زیستی و هم‌چنین تراز نمودن ترکیبات بر روی یکدیگر در سایت فعال پروتئین مورد استفاده قرار گرفت. با توجه به مقادیر gold score fitness گزارش شده از داکینگ مولکولی این ترکیبات می‌توانند مهارکننده‌های قوی برای گیرنده نوع دوم اورکسین باشند. در نهایت مطالعات ADME بر روی نتایج حاصل انجام شد. با توجه به قوانین لیپنسکی این 59 ترکیب مورد بررسی خاصیت دارویی دارند. مطالعات کاربردی-ساختاری آتی برای بهبود بیشتر خواص ADME ترکیبات توصیه می‌شود، هم‌چنین این ترکیبات باید آزمایش شوند و پتانسیل برون تنی آن‌ها نیز برای ارزیابی بیشتر بررسی شود.
