چکیده مقدمه: در سالهای اخیر، رشد سریع صنعتی و توسعه شهرها در کنار رودخانهها منجر به افزایش آلودگی این اکوسیستمهای حیاتی شده است. این آلودگیها نه تنها برای سلامت انسانها خطرناک هستند، بلکه اثرات منفی زیادی بر محیط زیست و اقتصاد نیز دارند. مهمترین منابع آلودگی آبهای سطحی و زیرزمینی شامل فضولات انسانی و حیوانی که حاوی باکتریها و نیترات هستند، پساب صنایع دارویی، فاضلاب صنایع فلزات سنگین، کودها و آفتکشها، مواد و فاضلابهای صنعتی و همچنین فاضلابهای خانگی میباشد. در میان انواع مختلف آلودگیها، آلایندههای شیمیایی و میکروبی از عوامل اصلی تغییر در بو، رنگ و طعم منابع آبی به شمار میروند که تهدیدی جدی برای سلامت انسان و محیط زیست محسوب میشوند. در سالهای اخیر، روشهای مختلف مولکولی و مستقل از کشت برای شناسایی میکروبها در اکوسیستمهای آبی به کار گرفته شده است که یکی از این روشها بررسی متاژنوم (متاژنومیکس) است. متاژنومیکس به بررسی تنوع عملکرد و فیلوژنی جوامع میکروبی با استفاده از فناوریهای توالییابی پیشرفته و نرمافزارهای بیوانفورماتیکی میپردازد. هدف این پژوهش بررسی پروفایلهای متاژنومی جوامع میکروبی و سموم کشاورزی در رودخانه شهر خوانسار است. روش کار: نمونههای آب از سه نقطهE1 (ورودی شهر)، E2 (وسط شهر) و E3 (خروجی شهر) رودخانه داخل شهر خوانسار جمعآوری شد. DNA کل ژنومی از نمونههای آب استخراج و تجزیه و تحلیل متاژنومی بر اساس 16S rRNA برای شناسایی میکروبیوتای آب انجام گرفت. همچنین، از روش کروماتوگرافی گازی با طیفسنج جرمی (GC-MS) برای اندازهگیری سموم کشاورزی استفاده شد. یافتهها: نتایج بررسی میکروبیوتای رودخانه خوانسار با استفاده از متاژنومیکس نشان داد که جنسهای بیماری-زایPseudomonas و Acinetobacter با فراوانی بالا و باکتریهای بیماریزای Clostridium ، Enterobacter، Citrobacter، Staphylococcus،Streptococcus، Corynebacterium، Motiliproteus و Nocardia با فراوانی کمتر یافت شدند. همچنین، بررسی سموم کشاورزی نشان داد که در نقاط E1، E2 و E3 هیچ سم یا آفتکشی وجود ندارد و غلظت دیازینون و مالاتیون با مقادیر صفر میکروگرم بر لیتر اندازهگیری شد. نتیجهگیری: آب رودخانه در سه نقطه نمونهبرداری شده در زمان نمونهبرداری دارای تعدادی آلودگیهای میکروبی خطرناک برای سلامت انسان و سایر موجودات زنده بود. بنابراین بررسی مناطق ورود این آلودگی ها جهت اطمینان از عدم نشت فاضلابهای خانگی ضروری است. با توجه به حضور این باکتریهای بیماریزا، دفعات نمونهبرداری بیشتر سالیانه و در یک بازه زمانی طولانیتر مورد نیاز است. در نقطه خروجی شهر، مقادیر دو سم پرمصرف دیازینون و مالاتیون صفر اندازهگیری شد.