نشانه شناسی لایه ای با زیرساخت نشانه، لانگ، پارول، رمزگان، بافت و... در پی خوانشی دقیق از متن است. نشانه در این رویکرد در تعامل گفتمانی به متن تبدیل می شود. درواقع این فرایند نتیجه خوانش بافتاری نشانه ها در قالب رمزگان است که به لایه های متنی تبدیل می شود. البته خوانش بینامتنیتی و بیناگفتمانی مخاطب، به این لایه ها جهت می دهد. منظومه خسرو و شیرین توانایی چنین خوانشی را دارد؛ بنابراین در این پژوهش به نشانه هایی مانند آب، شیر، خون، درخت، سنگ، خورشید و... در جایگاه کنشگران اصلی روایت، گرداگرد سه شخصیت فرهاد و خسرو و شیرین، توجه شد؛ به گونه ای که خوانش پدیدارشناختی، این نشانه ها را همگام با هر شخصیتی در فرایند معنایی، متناسب با دلالت های ضمنی دید. روش توصیفی ـ تحلیلی لایه های نشانه ای نشان داد شاعر چگونه از شگرد اقتصاد داستانی در قالب نشانه ها برای افزونی ساختار معنایی ـ محتوایی اثر استفاده کرده است؛ به طوری که با وجود نگرش ساختارگرایی برخی تحلیل گران، این پژوهش به سبب در نظرگرفتن پیرنگ برای همه نشانه ها در رمزگان های مختلف خوانشی، به افزونی معنایی داستان انجامید؛ برای مثال وقتی کنشگران همنشین شیرین، مانند آب و شیر و خون، برپایه عمل فراروی نشانه ها در رمزگان های مختلف عرفان و اسطوره و روانشناسی و... قرار می گیرند، پایان کار شیرین، در جایگاه دلالت های ضمنی متفاوتی قرار می گیرد؛ مانند فنای عارفانه و یا مرگ زودهنگامی که مجازات اوست.
