نشانه های انتخاب در کل ژنوم، ما را در درک مکانیسم های انتخاب و شناسایی مناطقی از ژنوم که در طی سالیان متمادی به صورت طبیعی و یا مصنوعی هدف انتخاب قرار گرفته اند راهنمایی می کنند. هدف این تحقیق شناسایی نقاطی از ژنوم در گوسفندان زل و بلوچی بوده که در طی سال های مختلف هدف انتخاب به صورت مصنوعی یا طبیعی قرار گرفته اند. 143 راس گوسفند بلوچی (96 راس) و زل (47 راس)، با استفاده از آرایه های ژنومیIllumina ovine SNP50K BeadChip تعیین ژنوتیپ شدند. برای جستجوی نشانه های انتخاب از آزمون نااُریب FST ویر و کوکرهام (تتا) در بسته نرم افزاری R استفاده شد. نتایج 17 منطقه ژنومی روی کروموزوم های 3، 4، 5، 7، 10، 11، 12، 13، 15، 18 و X را شناسایی کرد. آنالیزهای بیوانفورماتیکی نشان داد که برخی از این مناطق ژنومی با ژن های موثر بر صفات توسعه سیستم اسکلت و دم، ایمنی و سیتولوژی سلولی، متابولیسم قند و انرژی و تولید مثلی مانند ژن های RPS6KA3، HOXB9، ESPL1، AAAS، FNDC3A همپوشانی دارند. نتایج تحقیق حاضر و جایگاه های ژنومی شناسایی شده می تواند نقش مهمی در رابطه با بررسی اثر انتخاب در تمایز جمعیتی دو نژاد دنبه دار بلوچی و بدون دنبه زل و درنتیجه شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات متمایز کننده این دو نژاد مانند نحوه ذخیره چربی و صفات سازگاری با شرایط محیطی مختلف داشته باشد.