انتخاب طبیعی و مصنوعی نقشی های حیاتی را در تکامل و اصلاح نژاد حیوانات و تکامل سریع در گونه های مختلف دامی اهلی بازی می کنند. تشخیص ردپاهای انتخاب در نواحی ژنومیکی می تواند بینشی برای درک چگونگی عملکرد صفات اقتصادی فراهم نماید. پژوهش حاضر با هدف شناسایی ردپاهای انتخاب در داخل ژنوم دو نژاد گوسفند ایرانی بلوچی و لری بختیاری توسط آرایه های ژنومی Illumina ovine SNP50 BeadChip انجام شدهصورت گرفته است که شواهدی از انتخاب های اخیر در طی اهلی سازی گوسفند را نمایان می کند. عدم تعادل لینکاژی (LD) برای هر هاپلوتیپ مرکزی با استفاده از اندازه گیری آماره XP-EHH بررسی شد. در مجموع 12 منطقه ژنومی از ردپاهای انتخاب بر روی کروموزوم های 2، 7، 8، 10، 14، 15، 16، 18 و 20 بین این نژادها شناسایی گردید. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک نشان داد که ژن ها با صفات تولیدمثلی، سیستم عصبی، توسعه اندام و متابولیک اسید چرب در نواحی منتخب مرتبط هستند. در مجموع نهایت، نتایج این تحقیقیافته های مطالعه ما می تواند در تشخیص ژن های کاندید عملکردی تحت انتخاب را برای تحقیقات ژنتیک و اصلاح نژاد گوسفند کمک نماید.