شوری و کمبود آب از محدودیتهای عمده تولید محصولات زراعی در مناطق خشک و نیمه خشک هستند. در این مناطق گیاهان بر حسب کمیت و کیفیت آب، ممکن است تحت تأثیر همزمان تنشهای شوری و خشکی قرار گیرند. لذا با توجه به محدودیتهای منابع آب در این مناطق، بهینه سازی عمق آبیاری محصولات حائز اهمیت زیادی میباشد. هدف اصلی تحقیق حاضر ارائه روش بهینهسازی تخصیص منابع آب با توجه به محدودیتهای کمی و کیفی آب به منظور مدیریت خشکسالی می باشد. همچنین به منظور ارتقاء کارامدی مدل سازی، در روششناسی مد نظر در بهینه سازی تخصیص آب، شبکه ها محصولات و مراحل رشد آنها و همچنین دور آبیاری در محاسبات لحاظ میگردد. بدین منظور از یک مدل بهینه سازی سه لایه به منظور بهینه سازی از سطح گیاه تا شبکه های آبیاری استفاده می گردد. در این رویکرد با لحاظ شبیه سازی عملکرد محصولات با استفاده از روش جدید فائو موسوم به FAO-2009 ، میزان تخصیص آب در سطوح مختلف تقاضا به گونه ای تعیین می گردد که درآمد خالص حاصل از سیستم حداکٍثر گردد. بدین ترتیب مدل توسعه یافته قادر است در شرایط مختلف شوری و کمبود آب میزان عملکرد محصولات زراعی وهمچنین مقادیر بهینه تخصیص آب از سطح مخزن تا دوره رشد گیاه را برآورد کند. بررسی نتایج مدل در شبکه های آبیاری حوضه آبریز زاینده رود حاکی از آن است که سیستم مدل سازی سه لایه مورد استفاده در این تحقیق، به بخوبی توانست محاسبات لازم را برای تخصیص و توزیع آب بین شبکهها، محصولات کشاورزی و برنامه ریزی آبیاری با توجه به محدودیت های کمی و کیفی منابع آب پوشش دهد. در این شرایط با افزایش مقدار شوری نرخ تغییرات درآمد بیشتر شده به گونه ای که با افزایش شوری در بازه 7-10ds/m کاهش درآمد کل سیستم نسبت به حـالت پایه ( بدون لحاظ اثرات شوری ) از 43 میلیارد ریال تا 103 میلیارد ریال میباشد