حسین محمدی

عفونت ویروس لوسمی گاوی (BLV) بیش‌تر در گله‌های شیری شیوع داشته و به‌دلیل محدودیت‌های تجاری و مرگ‌ومیر ناشی از لنفوسارکوم باعث ضررهای اقتصادی مستقیم می‌شود که هم‌چنین با کاهش تولید شیر و افزایش نرخ حذف نیز مرتبط می‌باشد. هدف از این پژوهش، مطالعه پویش کل ژنوم (GWAS) برای شناسایی مناطق ژنومی و ژن‌های کاندیدا مرتبط با عفونت به BLV بود. این مطالعه با استفاده از گاوهای هلشتاین ایران که به‌طور طبیعی به BLV آلوده شده بودند، انجام گرفت. بدین منظور از 150 راس گاو هلشتاین در یکی از گاوداری‌های صنعتی اصفهان، نمونه‌خون جمع‌آوری و از آن‌ها استخراج DNA و سرم انجام گردید. سپس نمونه‌های DNA آماده‌شده با استفاده از تراشه‌های k30 (SNPchip30k) (توسط شرکت ایلومینا) تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفیت نشانگرهای تعیین ژنوتیپ‌شده براساس شاخص‌های فراوانی آلل نادر (05/0 PMAF <)، ژنوتیپ از دست‌رفته (05/0PMIND >)، نرخ تعیین ژنوتیپ (05/0PGENO>) و تعادل هاردی-واینبرگ (6-10×1PH-W <) توسط نرم‌افزار PLINK انجام شد. بعد از آنالیز کنترل کیفیت 145 راس گاو (77 بیمار و 68 شاهد) و 22868 نشانگر برای ادامه آنالیز باقی‌ماند. پس از انجام آنالیز پویش ژنوم در برنامه PLINK در نهایت هشت نشانگر بالاتر از حد آستانه معنی‌داری، شناخته شدند که بیش‌ترین نشانگرهای معنی‌دار در کروموزوم‌های 17 و 21 قرار داشتند. با بررسی بیوانفورماتیکی مناطق ژنومی معنی‌دار با استفاده از پایگاه‌های برخط ensemble و genecards، ژن‌های مرتبط با نشانگرهای معنی‌دار انتخاب شده، شناسایی شدند که مهم‌ترین آن‌ها GRK4، TP53BP1، ‌SCAPER، GLRB، PDGFC، TNIP2، PSTPIP1، CEP350، MR1، TOM1L2، SREBF1، COPS و TNFRS13B بود.