عوامل بیماریزای متعددی از قبیل قارچها، ویروسها، باکتری ها و نماتدها باعث کاهش کمیت و کیفیت محصولات باغی می گردند. مطالعه و شناسایی هر یک ازاین عوامل به طور دقیق در منطقه و پیشگیری از وقوع آلودگی سبب جلوگیری از بروز خسارت و افزایش راندمان اقتصادی محصول می شود. ویروس های گیاهی در درختان میوه بیماری های متعددی ایجاد می کنند و آلودگی های پایدار را ایجادمی کنند. برای پیشگیری همواره توصیه می شود از نهال های عاری از ویروس استفاده شود. با توجه به اهمیت نهال مرغوب و استاندارد برای احداث باغات میوه و با هدف استفاده بهینه از منابع آب و خاک کشور و ایجاد اطمینان خاطر برای احداث کنندگان باغات میوه تجاری محصولات مهم و استراتژیک باغی خصوصاً در ارتباط با ارقام بومی و محلی و رقابت پذیری با ارقام تجاری خارجی محصولات باغی، طرح شناسه دار کردن نهال درختان میوه با مشارکت تولیدکنندگان نهال در سراسر کشور و در بیش از 500 نهالستان توسط موسسه تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال به نمایندگی از وزارت جهاد کشاورزی در کشور اجرایی شده است. نهال های شناسه دار باید عاری از آفات، ویروس ها و سایر بیمارگرهای گیاهی بویژه نماتدها نیز باشند. از طرفی تأیید عاری از ویروس بودن نهال های وارداتی برای کنترل آن بسیار مؤثرست و رعایت ضوابط قرنطینه ای با استفاده از مؤثرترین فناوری های نموده-سازی در واردات نهال لازم الاجرا است. پس از احداث باغ عاری از ویروس تمام درختان میوه وحشی در باغ و شعاع 200 متری اطراف باغ باید حذف شوند تا از انتشار احتمالی ویروس به داخل بافت جلوگیری شود. از احداث باغ جدید درمجاورت باغ قدیمی که گیاهان مشکوک یا آلوده به ویروس دارد خودداری شود و پس از احداث باغ نیز هر گیاه آلوده را بلافاصله پس از ظهور نشانه ها یا تشخیص به طرق دیگر باید حذف کرد تا از انتشار ویروس در باغ جلوگیری شود .
