استفاده از نشانگرهای مولکولی برای تخمین تنوع ژنتیکی و تعیین قرابت بین مجموعه های گیاهان ا صلاح شده مورد استفاده قرار می گیرد. در این پژوهش، به منظور ارزیابی کارایی نشانگرهای ISSR جهت بررسی تنوع ژنتیکی 9 ژنوتیپ (سه والد گل شیپوری گلدانی به همراه شش نتاج حاصل از تلاقی های دای آلل) از پنج آغازگر ISSR استفاده شد. الگوی نواربندی بر اساس وجود و عدم وجود نوارها به ترتیب با یک و صفر نشان داده شدند. بیشترین تشابه 98/0 بین دو ژنوتیپ B9-1 و B9-2 و کمترین تشابه 60/0 بین دو ژنوتیپ B11-4 و B12-1 قرار گرفت. در بین ژنوتیپ های والدینی بیشترین و کمترین فاصله به ترتیب بین Orania و Odessa و Sun club (95/0) و Allure با Odessa و Salt lake با Paco (80/0) مشاهده شد. تجزیه خوشه ای بر اساس الگوریتم UPGMA و ضریب تشابه دایس با استفاده از داده های مولکولی توانست جمعیتهای شیپوری را در سطح تشابه 78/0 به پنج گروه تقسیم بندی کند. آغازگرها درمجموع 32 باند تولید کردند که از این تعداد 24 باند چند شکل بودند.