انتخاب در جهت افزایش فراوانی جهش های جدیدی که در برخی از جمعیت ها مفید هستند باعث به جا گذاشتن نشانه هایی در سطح ژنوم می شود. در تحقیقات اخیر، شناسایی نشانه ها یا رد پاهای انتخاب، یکی از زمینه های مورد علاقه متخصصان ژنتیک و اصلاح نژاد است. از این مطالعات می توان اطلاعاتی در مورد مراحل تکامل گونه های مختلف که با تغییراتی در سطح ژنوم آنها در طی سالیان طولانی همراه است، به دست آورد. تحقیقات در خصوص ساختار ژنتیکی نشانه های انتخاب، در حیوانات به این دلیل که علاوه بر انتخاب طبیعی، در طی سالیان اخیر هدف انتخاب های مصنوعی شدیدی قرار گرفته اند نسبت به تحقیقات در زمینه انسان ها با ارزش تر هستند . آگاهی از معماری ژنتیکی جمعیت ها، شناسایی رد پاهای انتخاب می تواند کمک بزرگ و چشم گیری برای برنامه ریزی و انجام طرح های اصلاح نژادی و حفظ ذخایر ژنتیکی باشد. به طور کلی هدف ما از انجام این تحقیق بررسی الگوی تنوع در مناطق ژنومی گاوهای بومی مورد مطالعه ما و همچنین شناسایی نشانه های انتخاب در ژنوم نژاد ها و در نهایت شناسایی و بررسی عملکرد ژن های موجود در جایگاهای ژنومی حاوی نشانه های انتخاب این نژاد ها می باشد. در این پژوهش 76 راس گاو بومی ایران از هشت نژاد، سرابی، کردی، مازندرانی، تالشی، سیستانی، کرمانی، نجدی ونژاد بومی فارس برای 283028 جایگاه چند شکلی تک نوکلئویدی(SNP)، تعیین ژنوتایپ شدند با پکیج NAM در بسته نرم فزاری R کنترل کیفیت نمومه ها را انجام دادیم. نژاد ها با توجه به آنالیز مولفه اصلی(PCA)، مشخصات فنوتیپی نژادها، و جغرافیای آن ها به چهار گروه، یک (کردی و سرابی)، دو(کرمانی و فارسی)، سه (سیستانی و نجدی)، و چهار(تالشی و مازندرانی) تقسیم بندی شدند. با هدف شناسایی نشانه های انتخاب، با استفاده از آماره FST هشت مقایسه را در بین گروه های نژادی انجام دادیم و در هر گروه ژن های مربوطه را شناسایی کردیم. در نهایت بررسی پایگاه QTL های ژنوم گاو مشخص شد که مناطق پیدا شده در این مطالعه با QTL های گزارش شده مرتبط با خصوصیات باروری، بلوغ تلیسه ها، تنظیم ph در شکمبه، تکامل و تمایز سلولی مهره، رشد ماهیچه بدن، پاسخ به استرس و ایمنی و سازگاری محیطی، ایمنی، مقاومت به بیماری هم پوشانی داشت.
