ابداع روش های تعیین ژنوتیپ با توان بالا و مقرون به صرفه طی سالیان اخیر، امکان ارزیابی ساختار ژنتیکی و ارتباط میان جمعیت های یک گونه را با استفاده از اطلاعات ژنومی فراهم ساخته است. بررسی ساختار جمعیتی بر اساس نشانگرهای گسترده در سطح ژنوم، اطلاعات ارزشمندی در ارتباط با روابط تکاملی و دسته بندی زیرجمعیت ها فراهم می کند. هدف از این تحقیق مقایسه دو روش تجزیه مؤلفه های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار و روابط بین جمعیتی سه نژاد اسب موجود در منطقه خاورمیانه شامل آخال تکه، عرب و کاسپین بود. به این منظور از داده های ژنومی بدست آمده از آرایه هایIllumina 50K SNP Beadchip در 61 نمونه از این نژادها استفاده شد. این تحقیق با همکاری پروژه کنسرسیوم تنوع ژنتیکی اسب (EGDC) انجام شد و کدهای مورد نیاز برای آنالیز داده ها در نرم افزار R تهیه شدند. نتایج حاصل نشان داد که در هر دو روش 8/10 درصد واریانس توسط دو مؤلفه اول توجیه می شود و هر دو روش سه جمعیت را جدا از هم خوشه بندی کردند. معیار ارزیابی تعداد بهینه خوشه بندی برای روش DAPC، معیار اطلاعات بیزی (BIC) بود که تعداد K=3 بهترین نتیجه را با کمترین BIC نشان داد. روش DAPC نسبت به روش PCA با نتایج بهتری همراه بود .در تعیین شمار بهینه K بهتر از روش PCA عمل کرد و تصویر بهتری از ارتباط بین افراد ارائه داد. همچنین در انتساب افراد به گروه های خود هر دو روش صحت بسیار خوبی ارائه دادند. در مجموع نتایج این تحقیق نشان می دهد با وجود اینکه نتایج تحقیقات گذشته این سه جمعیت را که مربوط به منطقه خاورمیانه هستند در یک خوشه از درخت همسایگی قرار می دهند، ولی با توجه به نتایج این پژوهش و با استفاده از روش های مورد استفاده در این تحقیق، سه نژاد به صورت مجزا گروه بندی می شوند و DAPC می تواند تصویر بهتری از روابط بین جمعیتی در نژادهای اسب ارائه دهد.
