محمد حسین مرادی

مطالعه پیوستگی در سطح ژنوم با بهره گیری از نشان گرهای چندشکلی تک نوکلئوتیدی با تراکم بالا، یک تکنیک جدید برای شناسایی ژن های مؤثر برای صفات مهم اقتصادی در دام ها به شمار می آید. هدف از این مطالعه پویش ژنومی برای شناسایی ژن گاه های صفات کمی مؤثر بر صفات رشد در گوسفندان لری-بختیاری بود. صفات وزن شیرگیری، وزن 6 ماهگی، وزن 9 ماهگی، وزن یک سالگی، افزایش وزن روزانه پیش از شیرگیری، افزایش وزن روزانه پس از شیرگیری و افزایش وزن روزانه از تولد تا یک سالگی که در طی سال های 1368 تا 1396 در گله گوسفندان لری-بختیاری ایستگاه شولی، واقع در استان چهارمحال و بختیاری جمع آوری شده بودند، مورد مطالعه قرار گرفت. ارزش های اصلاحی حیوانات برای صفات مورد مطالعه با استفاده از مدل های مختلط حیوانی در نرم افزار WOMBAT پیش بینی شدند. تعداد 132 رأس دام برای خونگیری انتخاب شدند، به گونه ای که66 دام به صورت استراتژی انتخاب دو دامنه بر اساس ارزش اصلاحی وزن بدن (33 فرد دارای ارزش اصلاحی بالا و 33 فرد دارای ارزش اصلاحی پایین) و 66 دام به صورت تصادفی انتخاب شدند. DNA ژنومی با کیت استخراج DNA سیناژن از خون دام استخراج شد. نمونه ها با استفاده از آرایه های 50 هزار نشانگری شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفیت داده های تعیین ژنوتیپ با استفاده از نرم افزارهای R و Plink ویرایش 90/1 انجام شد. ارزش های اصلاحی پیش بینی شده بازگشته برای صفات مورد مطالعه به عنوان شبه فنوتیپ در نظر گرفته شدند و پویش ژنومی با استفاده از نرم افزار Plink ویرایش 90/1 انجام شد. نمودارهای منهتن و Q-Q با استفاده از نرم افزار R تهیه شدند. واریانس های ژنتیکی توجیه شده توسط SNPهای معنی دار، بر اساس فنوتیپ های تصحیح شده و با نرم افزار GCTA برآورد شدند. ژن گاه های صفات کمی (QTL) و ژن های کاندید مرتبط با صفات مورد مطالعه، با استفاده از SNPهای معنی دار شناسایی شده، نقشه SNPهای ژنوم گوسفند در SNPchiMp V.3، ابزار BioMart در Ensembel و پایگاه داده ی QTL حیوانی بررسی شدند. پس از کنترل کیفیت، 41323 چندشکلی تک نوکلئوتیدی و 130 حیوان برای تجزیه های بعدی مورد استفاده قرار گرفتند. بر اساس مقادیر p تصحیح شده بونفرونی، تعداد نه SNP، دارای ارتباط معنی داری با صفات مورد مطالعه بودند (05/0 > p) که از بین آنها سه SNP قرار گرفته روی کروموزوم های 4، 12 و