محمد حسین مرادی

انتخاب طبیعی و مصنوعی از جمله نیرو های محرک اصلی شکل دهنده تنوع ژنتیکی در ژنوم گونه های دامی هستند. انتخاب معمولاً نشانه هایی در سطح ژنوم به جای می گذارد، که اغلب توسط تمایز ژنتیکی بالا در بین نژاد ها و/یا کاهش شدید در تنوع ژنتیکی در مناطق مرتبط با صفات تحت فشار انتخاب شدید مشخص می شود. چنین انتخاب هایی احتمالاً نشانه های انتخاب مشخصی روی ژنوم گوسفند اعمال کرده اند. بنابراین شناسایی نشانه های انتخاب در سراسر ژنوم ممکن است به تشریح مکانیزم-های انتخاب و مشخص کردن ژن های کاندید بهره مند برای تحقیق بیشتر کمک کند. در این مطالعه، تنوع ژنتیکی و نشانه های انتخاب در سه نژاد گوسفند ایرانی: افشاری (41 رأس)، مغانی (35 رأس) و قزل (35 رأس) با استفاده از آرایه های ژنومیIllumina Ovine SNP50K BeadChip مورد بررسی قرار گرفت. برای هر حیوان اطلاعات ژنوتیپی برای 49017 چند-شکلی تک نوکلئوتیدی (SNPs) استفاده شد. آنالیز های تنوع ژنتیکی در نژاد های گوسفند بومی نشان داد، میانگین LD (اندازه-گیری شده توسط r2) بین SNP های مجاور با میانگین فاصله 58، 56 و 56 کیلو باز برای همه کروموزوم ها به ترتیب 207/0±151/0 برای نژاد افشاری، 190/0±131/0 برای نژاد مغانی و 184/0±121/0 برای نژاد قزل بود. کروموزوم 2 در نژاد افشاری و قزل و 12 در نژاد مغانی بیشترین میانگین r2 را در کروموزوم های اتوزوم هر نژاد داشتند. نژاد قزل بالاترین مقدار تنوع ژنتیکی را بر اساس اندازه مؤثر جمعیت (90 فرد) و هتروزیگوسیتی (138/0±361/0=He) نشان داد، در حالی که کمترین مقدار تنوع ژنتیکی (56=Ne و 150/0±343/0=He) در نژاد افشاری مشاهده شد. برای شناسایی نشانه های انتخاب از سه آماره مبتنی بر تمایز جمعیتی (FST) و طول هاپلوتیپی (XP-EHH و hapFKL) استفاده شد. نتایج این تحقیق منجر به شناسایی 45 (FST)، 48 (XP-EHH) و 10 (hapFKL) منطقه ژنومی روی کروموزوم های مختلف شد که هدف انتخاب های مثبت در این نژادها قرار گرفته بودند. این مناطق به طور مستقیم یا غیر مستقیم با ژن های دخیل در مسیر های سیگنالینگ مرتبط با سازگاری محیطی مانند پاسخ ایمنی (IL2RB، IL23A، CD52، STAT2)، توسعه ماهیچه (Myf5، Myf6، CAPZB)، تجمع رنگ-دانه در پوست (EDN3، BNC2)، مورفولوژی اسکلت و اندازه بدن (BMP2، ALX4، EXT2)، متابولیسم انرژی (EVI5، NPY، PPP1R3D، GLS2)، آپپتوز (MYB، TCTN3) و متابولیسم