حسین محمدی

شناسایی ژن های بزرگ اثر مؤثر بر صفات مهم اقتصادی، یکی از مهم ترین اهداف اصلاح نژادی در پرورش بلدرچین است. هدف پژوهش حاضر بررسی معماری ژنتیکی، شناسایی مناطق ژنومی و ژن های کاندیدای مرتبط با برخی صفات مهم اقتصادی در بلدرچین ژاپنی بود. مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای آنالیز غنی سازی مجموعه های ژنی با استفاده از یک تراشه SNP ژنوم بلدرچین ژاپنی ( 4K) در یک جمعیت F2 حاصل از تلاقی دوطرفه انجام شد. به ازای هر پرنده، صفات شامل میزان خوراک مصرفی، افزایش وزن بدن، ضریب تبدیل خوراک، خاکستر استخوان درشت نی و پا اندازه گیری شد. آنالیز غنی سازی مجموعه های ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R انجام شد و برای آنالیز بیوانفورماتیکی از طریق پایگاه های برخط DAVID و PANTHER استفاده گردید. آنالیز پویش ژنومی تک مرحله ای بوسیله نرم افزارهای خانواده ی BLUPF90 انجام شد. پیش بینی های ژنومی شبکه های عصبی بیزی با استفاده از بسته نرم افزاری brnn برنامه R انجام گرفت. در آنالیز غنی سازی مجموعه ژنی تعداد 23 طبقات هستی شناسی و مسیرهای بیوشیمیایی KEGG با صفات مورد بررسی شناسایی شد (P˂0.05). از این بین طبقات هستی شناسی Protein glycosylation، Myoblast differentiation،Positive regulation of muscle cell differentiation ، مسیرهای بیوشیمیایی MAPK signaling pathway وCalcium signaling pathway نقش مهمی در توسعه فیبرهای عضلانی اسکلتی، مصرف خوراک و قابلیت جذب داشتند. تعداد 13 پنجره ژنومی معنی دار روی هشت کروموزوم، 23 درصد کل واریانس ژنتیکی صفت افزایش وزن بدن را توجیه می کردند و حاوی ژن های کاندیدای SMYD1، ADGRG6 و CFL2بودند. بیشترین واریانس مربوط به پنجره ای روی کروموزوم شماره ی دو بود. تعداد 20 پنجره روی هشت کروموزوم و شامل ژن های کاندیدای ACSL1، -PPA2 ، FGF2 و RBL2 مرتبط با میزان خوراک مصرفی بودند. این پنجره ها 38 درصد واریانس ژنتیکی را کنترل می-کردند و مهم ترین پنجره روی کروموزوم شماره ی چهار بود. همچنین برای ضریب تبدیل خوراک تعداد 12 منطقه ژنومی روی هفت کروموزوم، 7/23 درصد از واریانس ژنتیکی را توجیه می کردند و حاوی ژن های کاندیدای ATRNL1 و PTPN4 بود. حداکثر توانایی پیش بینی حاصل از شبکه عصبی بیزی در پیش بینی میزان خوراک مصرفی، افزایش وزن بدن، ضریب تبدیل خوراک، خاکستر استخوان درشت نی و خاکستر استخوان پا به ترتی