مناقشاتی که امروزه بر سر حاکمیت برخلیج فارس مطرح است این سؤال را ایجاد می کند که چه عامل یا عواملی موجب تضعیف حاکمیت ایران در خلیج فارس شده است؟ برای پاسخ به این پرسش با بهره گیری از روش کتابخانه ای به مطالعه تطبیقی-مقایسه ای حاکمیت ایران بر خلیج فارس در دوره طولانی مدت بین سال های 907 تا 1344 هجری قمری پرداخته شد. شاه اسماعیل و شاه طهماسب صفوی همچون آقا محمدخان و فتحعلی شاه قاجار درگیر مقابله با تهاجمات همسایگان بودند و از پرداختن به امور خلیج فارس غافل شدند لذا خلاء قدرت مرکزی در این دوران ها موجب ضعف حاکمیت ایران در خلیج فارس گردید. اما در دوران هایی مانند زمان حکومت شاه عباس اول و ناصرالدین شاه که دولت مرکزی با اقتدار نظامی و اداری در خلیج فارس حضور پیدا کرد حاکمیت ایران بر این مناطق قوت گرفت. حضور قدرتمند حکومت مرکزی علاوه بر این که بر اقتدار آن می افزاید موجبات ایجاد امنیت در منطقه را نیز فراهم می آورد. از این حیث سه دوره را می توان با هم مقایسه کرد؛ دوران حضور افغان ها در ایران، دوران درگیری های جانشینان نادر و دوران کشمکش های جانشینان کریم خان. در هر سه این دوره ها خلاء قدرت مرکزی موجب رقابت متنفذین محلی در خلیج فارس و ایجاد ناامنی شد. در زمان نادر و کریم خان نیز که حکومت مرکزی مقتدرانه در خلیج فارس حضور داشت، امنیت این منطقه نیز افزایش پیدا کرد.
