1403/03/28
علیرضا خالقی

علیرضا خالقی

مرتبه علمی: دانشیار
ارکید: https://orcid.org/0000-0002-6814-2780
تحصیلات: دکترای تخصصی
اسکاپوس: 57200083037
دانشکده: دانشکده کشاورزی و محیط زیست
نشانی: دانشگاه اراک- دانشکده کشاورزی- گروه مهندسی باغبانی
تلفن:

مشخصات پژوهش

عنوان
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی توالی های EST گل شاخه بریده ژربرا (Gerbera hybrid) به منظور شناسایی ژن های دخیل در مقاومت به بیماری بوتریتیس
نوع پژوهش
مقاله چاپ‌شده
کلیدواژه‌ها
بیان ژن، تنش زیستی، ژنومیکس کارکردی، گروه های کارکردی، EST
سال 1396
مجله ژنتيك نوين
شناسه DOI
پژوهشگران علیرضا خالقی ، حمید حسینیان خوشرو

چکیده

تنش های زیستی از جمله بیماری بوترتیس از موانع اصلی در تولید گل ژربرا می باشند. این تحقیق به منظور شناسایی ژن های دخیل در مقاومت به بیماری بوترتیس به کمک تجزیه و تحلیل اطلاعات EST کتابخانه گل ژربرا انجام شد. اطلاعات اولیه کتابخانه گل ژربرا شامل 1920 EST از بانک اطلاعاتی NCBI جمع آوری شدند. پس از پیرایش اولیه توالی های EST، دسته بندی و یکپارچه شدند که منتج به ایجاد 1139 ژن واحد (361 توالی همپوشان و 778 توالی منفرد) گردید. نتایج جستجوی بلاست X نشان داد که 688 ژن واحد دارای hit مشخص در بین پروتئین های آرابیدوپسیس بودند و برای سایر توالی ها hit مشخصی شناسایی نشد. گروه بندی و آنالیز غنی سازی ژنی، توالی های EST کتابخانه ژربرا را بر اساس کارکرد مولکولی، نوع پروتئین و اجزای سلولی به ترتیب در 10 ، 25 و 6 گروه کارکردی مختلف قرار داد که حضور 6 گروه در سطح آماری 1% معنی دار گردید. شبکه ژنی مربوط به توالی های با حضور بالا نشان داد که ژن های مربوط به فاکتورهای رونویسی خانواده MYB (MYB73، ATMYB21 و RHC1A) که به شدت تحت تأثیر مسیر جاسمونیک اسید بودند، ژن های رمزکننده آنزیم های آنتی اکسیدانت، ژن های دخیل در فرآیند انتقال پیام کلسیم (مثل ژن کلمودولین (CAM7 و خانواده پروتئینی UBQ سهم بزرگی از شبکه تنظیمی را به خود اختصاص می دهند و نقش کلیدی در مقاومت به بیماری بوتریتیس برعهده دارند. ژن های شناسایی شده در این مطالعه می توانند نامزدهای مناسبی برای دست ورزی مقاومت به بیماری بوتریتیس در گل ژربرا باشند.